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然而“原则许可制”在某些情况之下会受到挑战。此时如何定位行政和权利的关系则成为法解释方面的高度技巧性问题。例如在出现竞争性申请，即多项申请均符合许可要求，而行政机关可给予的许可数量有限时，原则许可制应如何适用法律便成为问题的关键。在1972年5月19日的一个最高法院判决中，最高法院对此问题以判例的方式确立了与上述公益判断、原则许可制相并列的另一项法律原则，即“申请在先原则”（先愿主义）。
2. 申请在先原则（先愿主义）
根据公共浴室法第2条第3款的授权，广岛县制定了公共浴室法施行条例。在该条例1条第1款中，广岛县规定了审查是否给予营业许可时的合理配置基准，该基准之一为申请许可的公共浴室与已经设立的公共浴室之间原则上应保持300米以上的距离。1959年A渔协于6月6日，市民X于同月8日分别向广岛县立尾道保健所公共卫生课提出了许可申请。X的申请当日即被受理，而A的申请则因判断是否须添加有关附件至同月11日才获受理。由于A与X所申请的公共浴室的设置场所只相距10米，根据上述广岛县的施行条例，两者已经构成竞争关系。经审查，广岛县知事Y许可了A的申请同时驳回了X的申请。X以其申请先于A为理由提起诉讼，要求确认Y对A的许可无效或撤销之，同时，请求撤销Y对其作出的不许可处分。对此，最高法院认为***日本最高法院1972年5月19日第二小法庭判决，最高法院民事判例集26卷4号，第698页。**：
(1)公共浴室法中规定许可制度以及该法第二条第二款本文中的规定内容“主要是从国民保健和环境卫生的公共福利的角度出发对营业自由所作的限制。根据上述规定的内容以及词语，应理解为上述许可申请只要符合规定的许可基准，行政机关必须给予许可。因此，如本件申请所涉及的那样许可之间发生竞争关系，各个竞争者的申请都符合许可基准，各方面条件均同一时，行政机关采取依申请的先后将许可给予申请在先者方法是正确的。因此，可以认为具备许可要件的许可申请合法地被提出时，在该时点，申请者与行政机关之间应给予许可的法律关系即已成立。该法律关系中，许可只要是属于法律上的羁束处分，便不应有理由受到其后提出的申请的特别影响。因为只有在上述法律关系因一定原因许可处分有缺陷而消灭时，其后的申请与相应许可之间应有的法律关系才有可能成立。”
(2)“考虑到上述公共浴室营业许可的性质以及公平地处理各申请的必要性，上述申请的先后关系应该以规定的申请书向有受理权限的行政机关提出之时为认定的基准时，而不能以接受、受理等行政机关的行为的前后为标准进行认定。”
根据以上理由，最高法院认为A渔协的申请书在6月6日提出的时点已经具备了受理要件，因此认定A渔协是申请在先者。
二、行政许可的相关制度：特许、认可
（一）特许
依照日本行政法学主流学说的观点，对于从事营业活动的行政批准，除上述的许可（典型的为警察许可）之外，还有特许。与解除一般性禁止的许可相反，诸如电力、煤气等公共事业、铁路、公共汽车等运输业，承担着向国民生活提供着不可少的服务任务。这类领域所具有的高度公益性，决定了这类营业活动不应当然地归属于私人的原本拥有的自由，而应获得国家的特别批准并在实施过程之中接受国家的业务监督。因此，这类针对公共事业的许可在行政法学上与上述的许可（原本拥有的自由的恢复）有所区别，被称为是公企业的特许，即赋予属于国家经营公益事业特权的特许。总之，特许是对国民设定其原本不拥有的权利或权利能力的行为。设定权利的行为有矿业权的设定、公有水面的围垦“许可”、河川流水或河川区域内土地的占用“许可”等，设定权利能力的行为有市村町等地方自治体建立或分割、公益法人的设立“认可”、“许可”等。
就行政相对人一方而言，企业一旦获得特许之后，除在业务活动中应服从主管行政机关的业务监督之外，同时负有开展营业活动，向国民平等地提供良好、稳定的服务义务。并且特许企业的休业或者停业也必须事前获得主管行政机关的批准。这些法律制度方面特有的限制正是与一般的营业许可的不同之处。
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