但是由于认可行为仅仅只是补充本体行为，即私人的法律行为的行为，因此作为本体行为的私人的法律行为如存在瑕疵，即使该行为已经获得认可，其在私法上并不具有效力。作为本体的法律行为有瑕疵时，私人即使在已经获得认可之后仍然有权主张该行为无效或应被撤销。例如日本国民法第38条第2款规定社团法人“章程的变更未经主管行政厅的认可不发生效力”，对于该条款中的“认可”的性质，横滨地方法院1989年9月6日在神奈川县警亲会章程变更案的判决***行政案件判例集第40卷9号，第1175页。**中解释为：
所谓认可是指补充第三者的法律行为效力并使其完成的行为，因此主管行政机关对公益法人的章程变更所作的认可也只是属于判断所申请的章程变更的内容与公益是否符合，从公益的观点出发对公益法人章程变更的效力进行补充和使其完成。因此构成本体的章程变更如不成立或无效时，即使已经得到了主管行政机关的认可，也不应因此可使得上述章程变更成为有效。
同类的判例还有例如未得到全体有关人员的代表者的同意违法变更寺院规则，即使已经得到了知事的认证也仍属无效***东京高等法院1967年12月26日判决，行政案件判例集18卷12号，第1816页。**。这些判例都强调认可的行政干预性与补充性和作为对象的私人的法律行为的本体之间的关系。
在现实的法律制度的规定中，认可和许可同样都是对社会生活实施行政介入的方式，但在实际的适用方面如何区分两者的不同则尚有许多难以明确之处。例如，同在土地区划整理法中，由土地区划整理组织从事工作的，该组织的设立为认可制（第14条），而个人从事工作的则为许可制，尽管表现该法律规定的文字是“认可”（第4条）。
（三）特许、认可与许可的关系：经典理论及其批判
1.分类的基础
上述关于许可和特许、认可的分类，其基础在于日本行政法学的经典理论中对行政行为的分类。依日本行政法的经典理论，行政行为分为法律行为性行政行为和准法律行为性行政行为，其中，法律行为性行政行为又进而分为命令性行政行为（免除私人特定义务或命令私人履行特定义务的行为）和形成性行政行为（赋予权利能力、行为能力、特定的权利或设定概括性法律关系、使法律上的效力发生、变更、消灭的行为）。上述的许可属于命令性行政行为，特许和认可则属于形成性行政行为***〔日〕田中二郎：《新版行政法上卷全订第二版》，有斐阁1981年，第121页。**，即许可是免除私人所负的一般性禁止义务（不作为义务）的特定行为，而特许是直接设定相对人的权利能力、行为能力、特定的权利或包括性的法律关系的行为，认可则是补充第三者的行为使之完成法律上的效力的行为（补充性行为）。这样对行政行为进行分类的基础显然注重的是行政行为的行为主体的意思以及该意思所产生的法律效果之间的关系，即行政机关通过许可、特许或认可等行政行为所表示的意思与该意思对私人的自由所产生的影响之间的关系***参见〔日〕藤田宙靖：《行政行为的分类》，成田赖明编：《行政法的争点（新版）》，有斐阁1990年所收，第59页。**。这种对许可、特许和认可的经典性认识有三点尤其值得注意：
(1)强调行政行为的行为主体的意思在怎样的程度上由行政行为的法律效果反映出来。因为许可、特许和认可是归类于法律行为性行政行为，而法律行为的概念及其分类则是借用了私法（民法）中的概念和分类方法***私法（民法）领域中的法律行为理论是以私的意思自治、契约自由为基本原则的，以最大限度尊重行为者的主体意思内容为前提构筑的，由此以“行为主体的意思在怎样的程度上由行为的法律效果反映出来”为基准将人的行为划分为“法律行为”和“准法律行为”。**；
(2)着眼于
宪法或自然法的层次解释法律效果。其所关注的法律效果，特别是在许可与特许的区别方面，无论是行动自由恢复的法律效果还是权利设定的法律效果，强调的都是自由或权利等“原本是否存在”；
