合法性和证据效力，正是科技侦查于实践中的运用在刑事程序法上不可回避两个关键问题。由于我国现行
刑事诉讼法对科技侦查并未有支言片语的规定，科技侦查现阶段主要依赖于侦查机关的内部规章进行规范。而在理论建构上，科技侦查究竟应归属于
刑事诉讼法上的强制措施还是强制性措施、抑或仅仅只是一种侦查手段，无论从在学术界还是司法实务界都找不到一个相对权威的答案。也因此，我们仍将在一段时期内保持对科技侦查立法的期待。
关于科技侦查收集取得的证据，并不当然具有证明力，法庭也不应不加鉴定地全盘采信。在我国，为求积极发现案件真实的目的，现行
刑事诉讼法对证据的证明力较少做消极的限制。当法律对某类科学证据未加以规定时，往往由庭审法官基于其经验来做出认定。然而，法官虽为法律专家(排除法官的法律素质不谈)，但却不可能精通所有科学证据相关的专门知识，因此，往往不是全盘采信就是求助于该学科专家意见。再者，“科学”一词本身即暗含“权威”之意，容易对侦查机关、检察官和法官产生强烈的暗示作用，使人轻信其所谓“科技侦查”的结果；同时，考虑到依科学证据所认定的事实，犯罪嫌疑人、被告人几乎没有反证的可能。笔者以为，关于所谓“科学证据”，即便取得的程序具有合法性，法院仍应就具体个案严格审查其证据的证明力，而不宜轻信所谓“科学”的“权威”。当然，在DNA鉴定、测谎等技术侦查手段逐渐运用于刑事程序，科技侦查日益扩大的趋势，法官若不能相应更新知识体系，追赶上侦查科学化的脚步，积极了解科学化侦查方式的程序及效果等问题，必将导致无法就个案事实所形成的科学鉴定报告做出充分的理解，随之而来的则可能只是以消极的心态来拒绝或排斥，抑或是被动地沦于橡皮图章而照单全收。如若如此，可以预期的一个变化将是，在涉及科学证据的案件中，法院公正认定事实的审判职权将趋于萎缩。
在美国，关于科技侦查所取得的证据的合法性，长期以来多数州法院均采用所谓“弗莱标准(the Frye Standard)”，即要求新型的科技证据所依据的理论及技术必须在其所属的专门领域中已获得一般承认(general acceptance)以作为承认其证据效力的要件。此外，联邦证据规则第403条规定“纵使具有关联性，若不公正的偏见、混淆争点、误导陪审的危险或者不当的迟延、时间的浪费或不必要地重复提出证据等的考虑，显然超过该证据的证明力者，该项证据得予以排除”，这被称为“关连性标准”。上述两项标准严格程度或有不同，均可作为我国科学侦查及其所取得证据证明力的立法参考。
