第三，对于刑讯逼供案件的办理适用举证责任倒置原则是违背无罪推定原则的。
无罪推定原则要求证明责任属于控方，被告人一方不必自证其罪，也不承担证明自己无罪的义务。如果发生刑讯逼供案件的话，涉嫌刑讯逼供的侦查人员有可能会成为该案中的犯罪嫌疑人或者被告人，而他们本身也不应该负担证明自己无罪的责任。对于此类案件若适用举证责任倒置原则，无异于将证明无罪的责任强加给涉案人员，这是不符合无罪推定基本原则的，也是违反我国刑事法律相关规定的。
第四，对于刑讯逼供案件的办理适用举证责任分担的原则更有利于保障被告人合法权益。
在笔者参与审理的案件中，被告人提出曾遭遇刑讯逼供的并不在少数。有些被告人提出自己遭遇刑讯逼供却又没有任何证据，检察官为了慎重起见，有时会要求参与预审的侦查人员出具工作说明证明预审过程中没有刑讯逼供等违法行为发生。当然，公安机关出具的工作说明是否属于
刑事诉讼法规定的证据种类目前仍有争论。我们姑且认为工作说明也是证据的一种，可是这种单纯否定被告人诉讼主张的证据又有多大的证明效力呢？换一个角度考虑，控方除了出具这样的证据外，难道还能出具更有证明效力的其它证据么？之所以会出现上述情况，就是因为关于刑讯逼供的举证责任规定不明，而被告人负担必要的举证责任可以提高诉讼的效率，节约诉讼资源，更可以有效的保障被告人的合法权益。
谁主张、谁举证原则是罗马法确立的举证责任分配原则。罗马法对于举证责任的分配问题规定了两大原则，一是原告应负举证责任；二是主张者负担举证的义务，否认者不负担举证的义务。 我们知道，举证责任其实是可以转移的，但是举证责任的起点仍然在提出诉讼主张的一方，有可能在公诉方，亦有可能在被告人一方。即肯定某项事实的人负有首先提出证据的义务。对于刑讯逼供问题，一般是从被告人一方提出诉讼主张开始的，在被告人通过自身的伤痕或者其它证据证明其可能遭受刑讯或者变相刑讯事实的同时，举证责任就转移到控方。控方必须提出证据证明被告人的伤痕或者其它证据不是由刑讯所致，控方所提的证据在理论上被称为反证。对于控方的证据，被告人及其辩护人一方同样可以再次提出证据予以反证，这样举证责任在控辩双方之间多次转移，并最终由法院依照证据规则进行裁量。
刑事诉讼中举证责任的分配以及举证责任倒置原则的适用范围问题，一直是学术界争论的焦点之一。对于刑讯逼供问题，遏制是大趋势，消灭是大方向，但是我们切不能为消灭而消灭，必须切合实际，步步为营，这才是符合马克思辨证唯物主义思想的正确思维模式。当前，加强对刑讯逼供案件的侦查是必要的，加大处罚力度也是必需的，对于刑讯逼供涉案人员构成犯罪的应该坚决予以惩处，但决不能因此违反程序法的要求，牺牲程序正义保护实体正义是与法律的秩序价值相违背的，从长远角度看，更是得不偿失的。
