2000年以来，政府对这类政策进行改革，改革的方向是取消制度性歧视和收费，标志性文件先后有三个：首先是2001年10月底国家计委、财政部按中央领导的指示联合下发《关于
全面清理整顿外出或外来务工人员收费的通知》，取消针对农民工的７项关键性收费，涉及公安、劳动保障、建设等收费大户，接着是
国务院《关于做好2002年农业和农村工作的意见》，提出了以公平对待为主题的16字方针，然后是国办2003年1号文件，对落实16字方针提出了诸多具体要求。指出：
关于“各地区要认真清理对农民进城务工的不合理限制和乱收费，纠正简单粗暴清退农民工的做法”问题，由体改办牵头，会同国家计委、公安部、教育部、财政部、劳动保障部和卫生部等部门落实。
其后的一些党中央、国务院相关文件，包括党的十六大报告和十六届三中全会决定，大都继续强化这方面的要求。由此可见，对于行政不许可这种极端的不平等，目前已经不存在；对于行政性限制与歧视性收费，取消也已是大势所趋。首先是中央层面已多次提出要求，明确、具体而且严厉；其次是取消关键性收费。取消收费既是实质性改革的先导，也是取消行政性限制的釜底抽薪之举。其三，一些地方先行一步的制度性改革，取得了很好的示范效应，比如浙江、广东、河北等省或其他部分地区实行的城乡统筹就业的改革。在这些因素的综合作用下，目前全国大部分地区已经消除或正在消除这种行政性限制和歧视性收费，只在极少数大中城市，针对农民工进城的行政性限制和收费，仍有不同形式的残留。总体上看，已到了水到渠成，全面清理和取消这些不平等政策的时候。
2.就业待遇
不仅仅在就业机会上存在农民工与城市工的区别，就算是农民工找到了工作在工资待遇、社会保险方面也与城市工处于不同的地位，有学者对成都市的农民进行了一次调查发现：在被雇佣的在城农民中,有48.1%认为工资报酬与干同样活的城市职工相比“存在差别”,而其中18.3%的认为这种差别还是很大的；认为不存在差别的占37.9%;不知道占14.0%。有56.8%认为报酬差别存在应该,原因是对方是城里人、从学校出来的、有关系后台、工龄技术效率不同；而回答不应该的有43.2%,原因是人人平等、都是干一样的活、自己干得多等。应该看到,在回答“应该”者中相当部分是认识到同工不同酬是户口等不合理的制度性原因造成的。
另据国家统计局最新数据显示，已市民化的外来农民工参加养老保险、医疗保险的比例只有4％和2.7％，而尚未市民化的农民工更不可能进入社会保险范围。据北京劳动保障网的资料，非公有制企业从业人员虽然在数量上已经超过公有制企业职工，但平均36人中仅有1人参加社会保险，未参加社会保险的职工中，90％以上是农民工。 这主要是由于我国的劳工立法中除了1991年《
全民所有制企业招用农民合同制工人的规定》中对农民工保险有比较模糊的规定且操作性不强外，《
国务院关于建立统一的企业职工基本养老保险制度的决定》、《
失业保险条例》、《企业职工工伤保险暂行规定》、《
国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》、《企业职工生育保险暂行规定》、《
社会保险费征缴暂行条例》等一系列的法律法规都没有对农民工的保险制度做明确的规定，有些做了规定与城镇劳动者相比也带有明显的歧视性，如1998年国务院颁布的《
失业保险条例》规定：
第十六条 城镇企业事业单位职工失业后，应当持本单位为其出具的终止或者解除劳动关系的证明，及时到指定的社会保险经办机构办理失业登记。失业保险金自办理失业登记之日起计算。失业保险金由社会保险经办机构按月发放。社会保险经办机构为失业人员开具领取失业保险金的单证，失业人员凭单证到指定银行领取失业保险金。
第二十一条 单位招用的农民合同制工人连续工作满１年，本单位并已缴纳失业保险费，劳动合同期满未续订或者提前解除劳动合同的，由社会保险经办机构根据其工作时间长短，对其支付一次性生活补助。补助的办法和标准由省、自治区、直辖市人民政府规定。
农民工社会保险制度之所以呈现上述特点的主要在于：（1）农民工尽管在城镇就业，但其户口在农村，仍与土地保持着一定的权属关系，土地可以作为其生存保障的兜底性载体。基于此，农民工的社会保险问题未能引起政府的充分重（2）农民工异地就业，且流动性大，致使其社会保险在管理上存在困难，城镇社会保险有的以省为统筹范围，有的以县、市为统筹范围。农民工跨省市流动就业，而不同省市间的社会保险标准不同。因此，农民工社会保险基金的可转移性较差。（3）农村社会保险尚未建立，当农民工返回农村后，其在城镇的社会保险无法持续和转移。（4）长期以来在工业化过程中形成的以牺牲农民利益为代价、歧视农民的政策在农民工社会保险权益保护上存在惯性作用，以致农民工社会保险制度迟迟不能出台。（5）企业出于节约用工成本的考虑，不愿为农民工缴纳社会保险费，而农民工由于收入不稳定且偏低，普遍不具备缴纳社会保险费的经济承受能力，亦主动无缴纳保险费的意识。故有的地方虽然有要求将农民工纳入城镇社会保险范围的规定，但未能实际落实。
2000年以来，己经有许多省市开始推动劳动力社会保险制度的一体化，如2000年，广东省出台了《广东省社会养老保险实施细则》、《广东省社会工伤保险条例实施细则》，明确提出了民工应参加社会养老和工伤保险的问题；2001年，北京市颁布了《农民工养老保险暂行办法》，要求用人单位必须与民工签订用工合同，并为其办理养老保险手续；2002年，南京市出台了《失业保险办法》，也对民工的养老保险作了明确的规定；同年9月，上海市推出了《外来从业人员综合保险暂行办法》，规定凡符合条件的单位和个人，必须办理综合保险；2003年，成都市下发了《成都市非城镇从业人员综合社会保险暂行办法》。还有许多地区如湖北 、湖南 、成都 等开始对农民工歧视的根源户籍制度进行修正。一旦户籍制度开始瓦解，城乡二元制度逐渐消亡，那么农民工的就业平等权就至少可以从法律层面上得到保障。
（二）干部和工人问题
根据《现代汉语词典》的解释，“干部”一词有两种解释，一是指国家机关、军队、人民团体中的公职人员，另指担任一定领导工作和管理工作的人员。 如果仅从第二种解释意义上讲，把企业干部定义为对企业工作的管理和人员是无可厚非的，关键是在我国干部一词更多有政治的含义，甚至往往被理解为是“执政行为的实施者” 。在计划经济下建立的企业制度里，企业的管理人员可以说都是国家派驻于各个经济单位个体的国家公务人员，他们享有在其他国家机关部门相同的待遇，其管理机关也不同于一般的劳动者，一般劳动者是由劳动部管理，企业干部则是由国家人事部管理。
