2、县级司法行政机关管理当地鉴定机构的职责不明确，关系未理顺。县级政权在行政管理体制中具有特殊的基础性地位和作用，大量的司法鉴定业务也必然在基层司法鉴定机构开展，但没有相关规定赋予县级司法行政机关管理司法鉴定机构的职责，出现问题和纷争不能够得到及时处理。如外地一家法医司法鉴定所在某县医院擅自设立分支机构违规开展鉴定活动，当地司法行政机关管理不便直接管理，迄今该机构仍未进行整改。
　　3、大部分鉴定机构无专职法医，专业鉴定人员不足，鉴定事项由兼职医生办理。各鉴定机构一般有鉴定人员3人，其中1人专职在门诊上班，另2人必须在完成本职工作的前提下才能从事司法鉴定工作，司法鉴定业务只有抽空办理，不能满足于门诊接诊要求。同时，鉴定人大多数为外科医师，其工作性质较为特殊性，上班实行“三班制”，经常要上手术台，或“关机”在家休息，在鉴定时限上有时不能满足当事人的要求，影响到“诉讼时效”，被鉴定人由于在鉴定机构找不到鉴定人只好到外地去委托鉴定。另外，法医类司法鉴定事项涉及内外科、五官科、神经科、妇产科等多项科目，而目前仅少量持证医师可以从事鉴定，不能满足被鉴定事项的多样性需求。
　　4、鉴定人劳务与报酬不一致，积极性不高。由于各机构刚开始从事司法鉴定业务工作，宣传未到位，社会尚未足够了解，同时，部分公检鉴定机构仍在面向社会接受委托从事司法鉴定业务，从而影响到新设鉴定机构的业务量。所以鉴定业务收费并不多，鉴定人付出了一定的劳务，但没有多少报酬。
　　5、收费标准不规范。截止目前，司法鉴定收费标准采用参照外省收费标准执行，全省没有统一的司法鉴定服务性收费标准和收费方法，亟需正式出台统一的司法鉴定收费标准，以利于鉴定业务的依法开展，维护鉴定市场的正常秩序。
　　6、各机构业务单一，大多仅可开展法医临床司法鉴定业务。10家法医司法鉴定机构业务范围只有法医临床司法鉴定一项，司法辅助性活动性质体现不够充分、全面。鉴定业务范围有待拓展，以使法医司法鉴定机构尽可能达到利民、便民的目的，更好地服务社会。
　　7、鉴定人安全保障问题日益突出。有少数委托人在委托法医鉴定机构进行鉴定之后，见鉴定意见对其不利，即认为鉴定结论有误，就找鉴定人胡搅蛮缠，有的甚至威胁、伤害鉴定人，恶化了鉴定环境，给鉴定工作的正常运行带来了一定的影响。。
　　8、存在自医（诊）自鉴。以前，法医鉴定机构设立在公、检、法等机关内，鉴定人参加鉴定案件的侦查、审理工作，出现了“自侦自鉴”、“自检自鉴”、“自审自鉴”等现象，由于缺乏必要的制约和监督，行政干预和人情鉴定难以避免，违背了诉讼的原则，也降低了司法鉴定的权威性。现在，法医鉴定机构由医院设立，且一地方仅有一家鉴定机构，被鉴定人往往就在该医院由持有《司法鉴定人执业证》的医生治疗，后又由经治医生鉴定，不可避免出现“自医（诊）自鉴”，影响鉴定的社会效果，科学鉴定的公正性受到怀疑，失去群众信任。

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