（二）国家秘密特权[60]
如前所述，美国的判例法很早就承认政府可以基于国家秘密特权，拒绝公开特定的信息和资料。FOIA第一项豁免的规定从某种意义上说只是判例法的成文化。前面所谈到的1807年的United States v. Burr案是一桩有关叛国罪的案件，被告人要求调取一位将军写给总统的信件作为重要证据。但是政府指出该信件包含了国家秘密，而它的公开将不可避免地对国家安全（National Safety）带来危险，于是拒绝提供该信件。法院并没有直接回答这一问题，但是对该信件中所包含的信息，法院在附带意见中承认公布该信息“将是鲁莽的，而且行政机关并不希望公开，如果这一信息对这一问题并不是直接和实质上可适用的话，它当然就将被禁止使用。”
早期的国家秘密特权只是用来禁止调用一些敏感信息，但是在后来的发展过程中，出现了基于该特权禁止受理此类诉讼的趋势。在1875年的Totten v. United States[61]一案中，Totten是一名战时间谍，他的继承人要求对Totten从事间谍工作时受到的伤害从国家获得赔偿。法院认为，当事人双方的特殊关系以及原告工作的特殊性质要求双方对他们的关系始终保持沉默，而且公开他们的关系将不可避免地对政府的公共职能、对个人或者对从事特务工作的人员带来损害。基于这些理由法院驳回了起诉。
不过，虽然国家秘密特权有着悠久的历史，但是对它的适用做出明确界定场合则是在1953年United States v. Reynolds[62]案中。在这个案件中，失事的B-29轰炸机飞行员的遗孀们要求调取官方对该事件的报告以及幸存者的陈述，用来作为她们从国家获得赔偿的证据。该飞机在失事时正在执行高度机密的任务，因此政府基于国家安全、飞行安全和军事设备研发等方面的考虑，拒绝公开当事人所要求的信息和资料。法院在分析中明确承认不公布军事秘密的特权在证据法中得到了很好地建立。但是法院也指出，国家秘密特权只属于政府，同时也只能由政府主张，而且这种特权不能轻易被使用，必须通过正式的主张，由主管这一事项的行政机关首长亲自考虑之后才能够使用。法院是该特权的最后的评判人。但是它不能要求强制性的公开被审查的信息，而且如果会对国家安全会带来危险的话，即使单个法官在密室里也不能对相关秘密信息进行审查。基于这种规则，最高法院推翻了地区法院和上诉法院的裁决，同意海军部长可以不提供相应的资料。
在司法审判中，国家秘密特权有可能带来三方面的后果。首先，如果基于国家秘密特权而阻止提供相应的证据，当事人同样可以继续诉讼程序，但是如果该证据很重要的话，就有可能阻止诉讼程序的继续进行。其次，在刑事诉讼中，如果被告人因为国家秘密特权豁免而不能使用相关资料的话，就应当做出有利于被告人的简易判决。最后，有的时候即使当事人可以通过没有加密的信息来进行诉讼，如果法院认为相关诉讼的进行本身涉及到重要的国家秘密的话，它依然会驳回起诉。
2005年的Tenet v. Doe[63]一案试图对Totten规则和Reynolds规则做出区分。最高法院在该案中指出，国家秘密特权只是一个证据规则，它只是用来阻止调用相关证据。如果法院想在诉讼阶段就阻止诉讼的进行，它就应当适用Totten规则，而不是国家秘密特权规则。不过Totten规则只有在争议事项本身构成秘密的时候才可以适用。该案反映了最高法院要求谨慎使用Totten案规则的考虑。
（三）普通公民在诉讼中利用国家秘密的权利
同美国判例法上长期存在的国家秘密特权形成对照，判例法和制定法、包括宪法长期以来都不承认公民有接触和利用政府信息的权利。一直到FOIA通过以后，普通公民才有了获得政府信息的制定法权利。不过，当公众尤其是媒体，即使是通过不正当的方式获得了政府信息之后，即使它涉及到国家秘密，宪法第一修正案通常也会对发表这些信息的行为提供一定的保护，这一点在New York Times v. United States[64] 和United States v. Progressive[65]等案件中得到了反映。
在刑事诉讼中，被告人存在着有限的利用政府保密信息的权利。当被告人意识到相关保密信息与其辩护有关时，他要及时向相关机关提出申请。相关机关可以要求法院秘密审查该信息对诉讼进程是否相关或有用。如果法院同意公开保密资料的话，行政机关可以向法院提出动议，请求要么只提供证明文件，承认相应保密资料会证明的事实的存在，要么只提供保密资料的摘要。当法院认为该动议不会严重损害被告人的辩护能力时，可以接受该动议。如果法院拒绝该动议，而检察部长作证如果公开该信息会给国家安全带来可确定的损害，法院应当驳回起诉并禁止被告人公开相关信息。法院也可能只撤销与保密信息部分有关的罪状，或对与保密信息有关问题做出对美国不利的判决，或驳回当事人的证据。
