首先，界定中央和地方权力的原则不明确。自从改革开放以来，中国的中央地方关系一直处于不断的调整过程中，比如地方立法权得到有限承认、地方税收与中央税收获得一定程度的分离、土地资源实行双重管理、地方人大的职能有所健全与村民自治的实施等，但基本上是“头痛医头，脚痛医脚”，没有从宪政的高度探索从根本上解决中央和地方权力冲突的途径，没有能从根本上确立界定中央和地方权力的原则。因此，中央地方关系总是逃脱不出“一管就死、一放就乱”的循环。
其次，主权概念的传统理解过于陈旧。在理论上，传统的宪法学思考一直囿于对单一制和国家主权的片面认识，因而未能在国家统一的大前提下充分承认地方的多元化利益，更未能提出一套有效解决中央和地方矛盾的宪政制度，而对主权概念的教条式理解妨碍了有意义的制度建设。
再次，中央立法权和征税权过分宽泛。至少在理论上，中央立法权是没有限制的，中央立法可以干预地方性事务。虽然1994年实行分税制，但实际上中央税仍然占据主导地位。
另一方面，地方保护主义未能得到有效控制。在实践中，中央的政令并没有获得有效统一，地方经常为了自身利益而采取损害整体发展的措施。地方保护主义相当猖獗。2000年实施的《立法法》未能有效制止普遍存在的立法打架现象，直接影响了国家法制的统一和市场规模的扩展。
最后，“一国两制”构想在新的历史环境下需要重新理解和阐释。《基本法》的“一国两制”为港澳的和平统一和治理提供了宪法依据，但随着历史的向前发展，必然会出现许多原先意想不到的问题，需要宪法学在新的社会、经济和政治环境下作出适当的反思。目前，宪法学者似乎忽视了“一国两制”和“基本法”的概念对于传统宪法学的基本概念与原则的挑战与发展，比如国家主权、法制统一和权利平等。与此同时，两岸分治的长期现实产生了台湾自治的独特需求。如果这种需求得不到满足，必将助长“台独”势力的进一步发展。
总的来说，中国是一个统一的单一制国家，但地区之间又存在着相当大的差异。如何合理划分中央与地方权限，在保证国家统一的前提下因地制宜，是一个一直困惑着中国理论界和政府部门的宪政问题。随着市场经济的发展、人口流动和信息交流的加剧，中央和地方的潜在矛盾越来越突出地显现出来。究竟如何界定必要的地方自主权和有害的地方保护主义？如何分配中央和地方的税收权？土地规划与管理权应该主要由中央还是地方控制？如何妥善处理中央和民族自治地方以及特别行政区的关系？如何创造性地解释和运用“一国两制”的宪法框架，为和平解决台湾问题作出贡献？在21世纪，这些以及许多其他实际问题摆在我们面前，要求我们通过适当配置中央和地方的宪法权能而理性地加以解决。如此看来，中央和地方关系确实构成了一条贯穿中国宪政的主线，中央和地方关系的法治化就是解开中国社会诸多难题的钥匙。
四、走向中央与地方关系的法治化
