（二）审查标准的操作难度大，及时有效的监督实现难
《监督法》第三十条列举了对被审查的对象应当予以撤销的3种情形，《立法法》第八十七条列举了应当予以改变或者撤销的5种情形，《法规规章备案条例》第十条也以大致相同的内容规定了审查应当关注的5个方面的事项。这些规定实质上确立了5条审查标准：（1）是在法定权限范围内制定的；（2）内容上符合法律法规的效力位阶的要求；（3）保持了法制的协调统一；（4）所作的规定内容具有适当性；（5）制定的过程符合法定程序。依据这些标准进行审查，确实能够有效地保证被审查对象的合宪、合法、合规和合理。但稍加分析可以发现，这是一些偏重于实质性审查的判断标准。在实际操作中，除了（1）和（5）可以加以直观判断、比较容易把握之外，其他各项不仅难以进行直观判断，而且需要由拥有比较全面的知识结构的专业人员在投入较多时间和精力进行全面的比较和分析之后，才能作出客观评判。可见，多数标准的实际操作难度是比较大的。再结合作为审查主体的人大常委会和政府一般都存在着任务繁杂[2]、人手欠缺、精力不足、时间有限乃至碍于相互关系和人情面子等多种因素的客观现实看，应该说，所设置的这些标准会使得审查难以及时完成，或者所存在的违法或不当等问题难以被发现。
（三）缺乏保证审查结果一致性的规定
对于某一级地方政府规范性文件而言，本级人大常委会和上级政府都有权进行审查。由于是不同主体所做的审查，虽然审查标准基本相同，但正如在我国统一法律体系下仍然普遍存在不同法院对同一件法律关系纠纷可能会作出不同的裁判一样，审查结果仍有可能不一致甚至相冲突。而现行制度中没有关于如何保证审查结果的一致的规定。[3]这就有可能使被审查的规范性文件或者在夹缝中自行其是，或者搁浅在公布之前。这都不是法治应有的格局。
（四）不同法律之间对审查主体层级的规定不协调
依《行政复议法》第七条的规定，行政相对人认为具体行政行为所依据的规范性文件不合法时，可以申请行政复议机关对具体行政行为的依据进行审查。由于申请审查与申请复议一并提出，接受复议申请的机关同时就是接受审查申请的机关。依《立法法》等其他相关法律法规，只有上级政府或本级人大常委会有权审查本级政府的规范性文件。这就出现了法律规定之间不协调的问题：如果作出具体行政行为的是乡镇政府，复议机关就是县市政府，那么，当行政相对人认为具体行政行为所依据的省级政府规范性文件不合法而一并向县市政府申请审查时，就会出现县市政府审查省级政府规范性文件的情形。这种情形构成了对目前备案审查体制形式上的逻辑严密性的挑战。
