我国的水资源管理体系是一种交叉状管理，系统最高部门为水利部，往下是省、市、县、乡各级水务部门，上下级之间只是业务指导关系，各级水务部门由当地政府领导，同时，水利部下属的七大流域委员会又要对相关流域的省级政府的水资源管理工作进行必要的监督和指导，这种多重领导的局面，既不利于统一管理，且易产生矛盾，因为水务部门的管理目标和地方政府的目标不一致，前者要追求对水资源的生态保护，而后者则要追求发展地方经济，孰轻孰重，本来是不言而喻，但由于在立法这个层面就没有给予水务部门以充分的法律依据，而且水务部门人财物都要依靠地方政府，更何况关于水污染惩治的执法权还掌握在环保部门手中，在此情况下，水务部门除了对政府领导唯命是从之外，没有第二条道路可以选择！由此看来，近几年来，比比皆是的水污染严重事件的发生就势在必然，不足为奇了。
另外，我国立法对于水资源受到严重污染所给予的惩罚打击力度不够，补偿也明显不足。我国《
刑法》没有设专门条款打击水污染犯罪，仅在第
338条作了关于重大环境污染事故罪的规定，在《
水污染防治法》法律责任这一章，对于造成水污染严重后果企业的处罚，主管行政部门也未设追究行政责任条款。在追究违法企业及个人的经济责任时，补偿标准大大低于所造成的损失，例如该法第八十三条第二款规定：“对造成一般或者较大水污染事故的，按照水污染事故造成的直接损失的百分之二十计算罚款；对造成重大或者特大水污染事故的，按照水污染事故造成的直接损失的百分之三十计算罚款。”立法上对于水污染事故所给予的过轻处罚，根本不能起到遏制作用，反而会使一些企业为追求暴利而更加肆无忌惮，这对于我国水资源生态保护来说非常不利，急需在立法上加大打击和惩罚力度。
第四，相关法规自由裁量权过大，操作性差
我国立法在对违法者进行经济处罚时，一个明显的缺陷就是授予执法者过大的自由裁量权，这也是我国权利监督制约体系不完善的一个重要方面，权利不受制约必将产生腐败，这是古今中外普遍认可的真理。在我国《
水污染防治法》及其实施细则中，自由裁量权过大就可见一斑，例如：《
水污染防治法》第
七十条规定：“拒绝环境保护主管部门或者其他依照本法规定行使监督管理的部门的监督检查，或者在监督检查时弄虚作假的，由县级以上人民政府环境保护主管部门或者其他依照本法规定行使监督管理权的部门责令改正，处一万元以上十万元以下的罚款”。执法者的自由裁量权如此之大，同样的原因对不同的单位可处以相差九倍的罚款，类似的条款比比皆是，举不胜举。这就为一些执法者以权谋私提供了绰绰有余的活动空间，这种立法所造成的后果，不但不利于对水资源的生态保护，在某种程度上，还会起到不好的导向，如前举例，不同的企业处于同样的违法状态，甲企业与执法者搞好了“关系”，仅处罚一万元，而乙企业没与执法者搞关系，很可能就要被处罚九到十万元，而这是法律赋予执法者的权利。在此情况下，违法单位不是想如何遵纪守法，更多把精力用到要搞好“关系，”以便再次违法时，执法者能“高抬贵手”。
