3、地方立法与国家立法的衔接
根据我国的法制统一原则，地方立法一般不会和国家的立法发生冲突，因为那样会自动失效。所以，地方立法基本上就是为了贯彻实施国家的立法，而且应该多数属于上文第二类的配套法规的类型。就是说将国家的立法按照地方的实际情况进行细化和可操作化。但是从现在的实际情况来看，地方立法大多数是对国家立法的简单重复，没有发挥地方立法的应有功能。
《湖北省环境保护条例（1997年修正）》、《湖北省汉江流域水污染防治条例》（1999年11月29日通过）和“湖北省实施《中华人民共和国水污染防治法》办法”等地方性法规中的有些规定已经过时，有些规定与现行国家法律不协调，应该及时修改。例如，“湖北省实施《中华人民共和国水污染防治法》办法” （2000年12月1日通过）第五条规定，“水环境功能区、生活饮用水源保护区由环境保护行政主管部门会同有关部门划定，报省人民政府批准。具体划定办法由省环境保护行政主管部门制定。”按照《
水法》（2002年修正）第
三十二条的规定，“国务院水行政主管部门会同国务院环境保护行政主管部门、有关部门和有关省、自治区、直辖市人民政府，按照流域综合规划、水资源保护规划和经济社会发展要求，拟定国家确定的重要江河、湖泊的水功能区划，报国务院批准。跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的水功能区划，由有关流域管理机构会同江河、湖泊所在地的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门、环境保护行政主管部门和其他有关部门拟定，分别经有关省、自治区、直辖市人民政府审查提出意见后，由国务院水行政主管部门会同国务院环境保护行政主管部门审核，报国务院或者其授权的部门批准。前款规定以外的其他江河、湖泊的水功能区划，由县级以上地方人民政府水行政主管部门会同同级人民政府环境保护行政主管部门和有关部门拟定，报同级人民政府或者其授权的部门批准，并报上一级水行政主管部门和环境保护行政主管部门备案。”按照上述规定，水功能区划由县级以上地方人民政府水行政主管部门会同同级人民政府环境保护行政主管部门和有关部门拟定，而不是由环保部门牵头；水环境功能区与水功能区应该保持一致，而且新修订的《
水污染防治法》也没有水环境功能区的规定。
（二）区域和流域管理体制方面存在的问题
根据《
水污染防治法》，环境保护部门对水污染防治实施统一监督管理工作（第
八条）。防治水污染应当按流域或者按区域进行统一规划（第十五条）。
根据《
水法》，国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。水行政主管部门负责水资源的统一管理和监督工作。国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构（以下简称流域管理机构），在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责（第十二条）。开发、利用、节约、保护水资源和防治水害，应当按照流域、区域统一制定规划（第十四条）。
按照这样的表述，在区域层次实行的是各部门按事权归口管理。大多数事权边界清晰的事项，各部门各司其职，履行法律规定的职责，没有什么问题。但对于事权相互交叉和重叠的事项，由于缺乏清晰的合作与协调机制，就会出现问题。有利的事情，部门会争权；不利的事情，部门会推委或杯葛。在水环境和水资源管理的各种事务中，表面上水利部门负责水量管理，环境保护部门负责水质管理，事权是清晰的。但是，水质和水量在自然属性上很多情况下是很难分开的，势必造成水利与环境保护部门的重复管理或者冲突。比如污水管理、排水管理等。同样的道理，这些部门与其他诸如工商、城建、国土等管理部门也会发生同样的状况。
