但是，《贷款通则》和三个司法解释都颁布于1997年以前，都或多或少的留有计划经济时代的印痕。《贷款通则》当时是为了取代之前的《信贷管理条例》。随着中国加入世贸组织，朱镕基总理主政时期对中国的经济体制进行了较大的改革，这其中也包括金融方面的。因此，《贷款通则》实施不到四年时间，就因不适应现实需要而被提议修订。央行于2000年第一次着手修改《贷款通则》，但因修改幅度过大而几度搁浅。2004年央行、银监会曾联合公布了修订后的《贷款通则（征求意见稿）》，但此后便悄无声息。直至2008年，央行、银监会向国务院建议废止《贷款通则》，相关废止工作一度到最后审查程序。2009年底，修订工作再次重启，2010年初，由央行主导的《贷款通则》修订稿日前已报到国务院法制办，并于1月底进入了更广范围内的修订稿征求意见阶段，这一征求意见稿将贷款主体范围扩大化，将未经批准设立为贷款人的非金融企业和个人也纳入到了合法的贷款人范围内。所以从社会实际和立法者的意愿上讲，将企业间借贷一概归为无效已显得不合时宜。

　　另外， 1999年颁布实施的《合同法》与前述《贷款通则》相比，既属上位法，又属后法，理应具有优先效力。其第52条规定：“有下列情形之一的，合同无效：（一）具备一方以欺诈、胁迫手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人的利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定。”企业间借款的合同，除极个别的是出于逃避债务，侵占财产等非法目的外，通常不会属于第（一）至（四）项规定的情形。常规的借款合同，只能通过第（五）项规定来进行考察。但目前为止并无任何法律或行政法规对企业间借款合同属于非法作出规定，虽然《贷款通则》有类似规定，但是《贷款通则》属于行政规章，而最高人民法院关于适用《中华人民共和国合同法》若干问题的解释（一）第四条也规定：“合同法实施以后，人民法院确认合同无效，应当以全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规为依据，不得以地方性法规、行政规章为依据” 。最高人民法院后来发布的有关建筑纠纷等的司法解释中，也坚持了这一观点：凡是仅违反行政规章而不违反法律和行政法规的，仍认定合同有效。因此，仅依照《贷款通则》和引用其的司法解释来判定企业间的借款合同无效，既不符合《合同法》及其解释（一）的规定，也不符合最高法的司法惯例和精神。