1. 对符合法定要求的生产农药、化肥、农膜的企业和集约化畜禽养殖场征收农业面源污染防治专项税
1986年，美国国会通过了《超级基金修正案》，规定凡是收益超过200万美元的公司，要就超过该限额的部分缴纳环境税，其纳税税率为0.12%,超级基金是美国以环境保护为专项内容的最大的一项基金，很好地促进了美国的环境保护。在农业面源污染防治领域，鉴于防治资金的缺乏和防治的巨大难度，可以对那些效益较好、达到一定要求的企业和集约化畜禽养殖场征税，然后专款专用，为农业面源污染的防治提供资金支持。
2. 对生产不合格农药、化肥、农膜的企业征收污染税以及对积极主动采取措施生产无害农药、化肥和可降解可回收利用农膜的企业提供税收优惠
对生产不合格农药、化肥、农膜的企业征收污染税可以把污染的外部不经济性内部化，使企业承担环境污染造成的外部成本，从而将环境核算纳入经济核算，用生态价值观补充劳动价值观。随着企业对环境污染程度的增加，环境税也增加，企业成本也随之增加，在价格不变的情况下，企业利润相对减少，企业要获取最大利润必须减少环境污染，采用更先进的生产技术和生产方式，生产无毒少害的农药、化肥及易回收降解的农膜，由此企业防治农业面源污染的积极性必然会得到提高。
3. 对集约化畜禽养殖场产生的废弃物和农作物秸秆征收废物税
对集约化畜禽养殖场和农民废物回收利用的行为提供税收优惠的方式，可以引导其向循环经济的方向发展，减少废弃物的产生，如荷兰针对居民的废物回收税和污水处理税在很大程度上鼓励了公众节约用水和减少废物产生；德国在此领域也实行了严格的税收政策，如《废水纳税法》，并取得了很好的效果；在美国，37个州中大约3400个地方社区对家庭垃圾征税，结果垃圾丢弃明显降低，回收率明显提高。
4. 对农药、化肥、农膜以及农产品征收消费税
消费税是旨在调节消费结构，引导消费方向，抑制超前消费需求的一类税收，消费税的征收可以减少对环境不友好产品的消费使用，进而引导农民和大众消费者多消费环境友好型产品，少消费导致农业面源污染的农药、化肥、农膜以及生产过程不达标、对环境及人体有风险的农产品。
（七）构建农民参与农业面源污染防治能力的培育体系
如前所述，农民的积极参与对农业面源污染的防治具有决定性的作用，但我国农民防治农业面源污染的能力却存在着明显不足，限制了其作用的发挥，因此我国立法应通过一系列规定来构建农民参与农业面源污染防治能力的培育体系。
