职务犯罪侦查机制作为侦查权运行的载体，在当前刑事诉讼活动所追求的社会秩序与公平、个人权利和自由以及效率等多元价值的情况下，必须加以改革与完善：(1)树立现代侦查理念。主要包括：有限侦查权理念，即侦查权的行使应严格遵守刑事程序法，严防任意性，并且也不应成为执行行政命令的手段；侦查活动应当确立“任意原则”，最大限度地获得侦查对象的自愿合作，只有在法定的特殊情况下才能够采取强制措施等；基本的人权思想，主要指必须严格遵守无罪推定原则，确保犯罪嫌疑人实现最充分的辩护权，以充分体现司法实践中的人文关怀。(2)运用现代先进技术。如通过现代测谎技术的适当应用可以为某些案件的侦查工作指明方向；通过计算机网络的应用，可以实现远程调取有关文件资料，通过人工智能进行电子帐目检查和技术认定，可以提高侦查准确度；通过配备现代科技设备（如远红外望远镜、卫星追踪定位系统），可以使搜捕、追逃行动大大提高成功率。借助电脑网络平台，逐步建立侦查活动的定向流程模式，用与引导侦查和对侦查进行程序控制。探索建立职务犯罪侦查专家系统，通过借助专家思维方式与解决问题的方式，解决案件中遇到的专业性问题。(3)适当公开侦查活动。可以试行辩护人或第三者在场的讯问制度或者对讯问过程全程录像制度。即检察人员在讯问犯罪嫌疑人时，应当对讯问过程进行如实摄录，或者允许辩护人或第三者在场观听、监督对于未成年犯罪嫌疑人，还应当通知辩护人或监护人到场，防止刑讯逼供、诱供等违法侵权现象的发生。(4)贯彻落实刑事司法政策。在执法过程中，不因当事人的地位、职务、社会背景、财产状况而区别对待。应当在严格公正执法的前提下，使当事人及其家属充分体验到执法部门和人员的人文关怀，尊重和维护犯罪嫌疑人的合法权益，全面及时告知嫌疑人的权利义务，充分保障犯罪嫌疑人在侦查阶段的辩护权和获得律师帮助权。尊重犯罪嫌疑人的人格，文明实施强制措施，认真听取有关申辩要求或投诉，为家属提供必要帮助，以规范文明的侦查活动来追求司法公正，体现程序正义，落实党和国家的刑事司法政策。
2．公诉权运行机制的改善
改善公诉权运行机制，应从处理好检察“一体化”与主诉检察官、公诉与逮捕等方面的关系入手，实现公诉机制和逮捕机制的优化与完善。
正确处理公诉中检察一体化与主诉检察官独立办案的关系。检察一体化是公诉权正确行使的基本前提，其价值在于能形成内部监督制约，防止起诉裁量权的滥用；防止外部干扰，确保依法独立行使公诉权。主诉检察官的独立性，是正确行使公诉权的基本保证，公诉包括对案件的审查判断和向法院提起公诉（决定不起诉）、出庭支持公诉等。与侦查活动需要整体配合的特征相反，公诉的内在机理要求承办案件的检察官具有一定的独立性。检察一体化和主诉（办）检察官的独立性是公诉活动的双重需求，两者相互依存、不可或缺。
把握公诉与批捕的司法审查特性和内在要求。就审查批捕和审查起诉而言，二者所追求的目标和价值是一致的，即都是为了追究犯罪嫌疑人、被告人的刑事责任，同时也保护犯罪嫌疑人、被告人的合法权益。在整个刑事诉讼中，它们都只是刑事诉讼的一种手段而不是目的，它们的共同目标都是为了惩治犯罪，维护社会的公平正义。二者在职能上相互依赖，具有先后相继的紧密联系。同时二者都具有对侦查活动的合法性进行监督和引导侦查取证的职能。
