普遍管辖原理上的独特性是国际刑法基本原则的具体体现。因而有学者指出，对行为人的处罚性不顾行为的时间和地点是国际刑事责任的必要因素。 普遍管辖权是世界各国同国际犯罪作斗争的基本权利，是国际刑法基本理论的展现。国际社会之所以需要国际刑法，是因为它明确禁止某些严重危害国际社会共同利益的行为，而且为世界各国联合制裁国际犯罪提供了统一的依据与保障。普遍管辖权的广泛应用则是国际刑法价值的一种具体表现形式。
（二）适用上的局限性
尽管国际公约与国内刑法设定的普遍管辖依据具有广泛的国际适用性，而且有利于制裁国际犯罪，但在当前的国际形势下，普遍管辖权的适用只是一个辅助性的刑事管辖原则，是国内地域管辖、国籍管辖和保护管辖补充适用原则。在一般情况下，普遍管辖的适用应避让其他管辖的优先地位，尽可能地避免与其他管辖原则的适用产生冲突，从而实现国际社会设立普遍管辖的宗旨。由此可见，普遍管辖在实际运用上具有一定的局限性。这种局限性主要来自三个方面：
第一，管辖罪行的限制。适用普遍管辖应追诉哪些罪行，历来是国际学界广为探讨的课题，因为有关“国际犯罪”的界定缺乏统一的标准，所以国际罪行的确认成为普遍管辖适用的限制因素之一。普遍管辖权的适用滥觞于海盗罪的惩治，海盗罪是最早被国际社会认同的典型的国际犯罪，自此，国际社会在界定适用普遍管辖的国际犯罪时，往往以海盗罪为蓝本，主要考虑犯罪行为是否具有严重性和国际谴责性。 英国国际法学家奥林？詹金斯指出：“所有海盗，从法律的观点来看，都是人类的敌人，不是某个国家或某一类人民的敌人，而是全人类的敌人。” 普遍管辖权最初只适用于海盗罪、贩卖奴隶或与奴役相关的国际犯罪，第二次世界大战以后，普遍管辖的适用对象进一步扩展为危害和平罪、战争罪及危害人类罪。如1968年11月6日的《联合国关于法定限制不适用于战争罪和危害人类罪公约》 和1974年1月25日的《欧洲关于法定限制不适用于战争罪和危害人类罪公约》， 通过非限定性规定确立了战争罪、危害人类罪以及种族隔离罪、灭绝种族罪的普遍管辖权，这种非限定性反而显示了普遍管辖权适用的有限性。正如费勒教授指出的：有时刑法被一种原则的效力所适用，该原则反映了广为人知的国际法中的犯罪。这些犯罪预示着破坏国际文明社会整体的基本利益，而且正是这种特性赋予了国际社会的每个成员国对这些罪行扩展其刑法适用范围的权利，即使这些罪行是在这些国家的领域外实施的，或犯罪人与这些国家没有特殊的联系…… 进而言之，由于这些罪行的性质和围绕这些罪行的公众呼声，普遍管辖是唯一可适用的确保公正审判的方法。 随着现代国际刑法的发展，适用普遍管辖的国际罪行有所拓展，一些国际公约不仅明确规定了普遍管辖的适用对象，而且明确规定了普遍管辖原则，诸如涉及劫持航空器罪、种族隔离罪、劫持人质罪、非法贩运麻醉药品和精神药品罪等罪行的国际公约。
