第一，要防止过分追求诉讼的效率而阻碍实体公正的实现。这方面最为典型的例子是举证时限与证据失权。举证时限制度是为了提高民事诉讼的效率而设计的一项制度，证据失权是该项制度的核心内容。依据举证时限的相关规定，当事人需要在当事人协商确定或者法院指定的期限内提交证据（诉讼实务中一般都是由法院指定），当事人因故意或过失未能在举证时限内提交证据的，只要对方当事人不同意质证，法院就将逾期举证视为当事人放弃举证的权利，将逾期提交的证据排除在诉讼之外，不再对它们进行质证。确立举证时限虽然有利于促使当事人在合理的期限内提交证据，解决法院审理案件有审限而当事人举证却无期限的矛盾，但由于重要的证据被失权，阻碍了法院通过诉讼发现真实，使法院的判决不能建立在客观真实的基础之上，并且使得另外一方当事人因为对方当事人程序上的过错而获得实体上的不当利益（如已经获得清偿的债权人再次得到偿付，本应承担赔偿责任的侵权行为人可免于赔偿）。证据失权具有严重妨害实体公正实现的效果，法院在适用这一规定时应当格外地慎重，至少对逾期举证只有一般过错的当事人不宜采用证据失权。即使对存在重大过错的当事人，也应当运用利益衡量的方法，在考量证据失权给该当事人带来的实体上的损失以及给对方当事人带来的利益是否相称后，再来作出失权与否的决定。
第二，要防止不恰当地强调司法的中立性而减损实体公正。司法权是为解决纠纷而设置的权力，司法机关在处理纠纷的活动中是作为第三方而存在的，因而在解决纠纷的过程中应当保持中立，应当平等地对待双方当事人，对争议双方持不偏不倚的态度。法官在诉讼中保持中立，平等地对待双方当事人无疑是符合程序公正要求的，但是，我们不能忽略在现实的诉讼中，存在着双方当事人诉讼实力极不相称的情形。在双方当事人的法律知识、诉讼技能存在巨大落差时，法官严守中立的结果可能是处于优势地位的一方利用熟悉程序规则来击败对方，而对方当事人从实体法上原本是应当胜诉的。为了形象地说明裁判者的中立性，有人把法官比作足球场上的裁判。但这一比喻未必恰当，甚至可能产生严重的误导。德国学者尧厄尼希说得好：“因为在诉讼中不允许——并且永远不应该忘记——那些更灵活、更聪明的当事人获胜，而应当是有理的一方获胜。
诉讼不是足球比赛，法院也不是只重视游戏规则的遵守并在赛后给胜者颁奖——判决——的裁判。”在双方当事人的诉讼能力严重失衡时，法官应当通过行使阐明权对处于弱势的一方当事人施以援手，如在当事人对事实的陈述不完整时提醒他作出补充，在当事人不知道可以申请法院调查取证时提示当事人可以向法院提出申请，在当事人由于不了解法律的规定而提出了不恰当的权利主张时对法律关系的性质作出说明。法官的上述行为，虽然未必符合中立性的要求，但恰恰是正确理解和处理司法活动中实体公正与程序公正的关系之典范。
