1998年12月16日通过的《人民检察院刑事诉讼规则》第255条规定：”在审查起诉中，发现犯罪嫌疑人有患精神病可能的，人民检察院应当依照本规则的有关规定对犯罪嫌疑人进行鉴定。犯罪嫌疑人的辩护人或者近亲属以犯罪嫌疑人有患精神病可能而申请对犯罪嫌疑人进行鉴定的，人民检察院也可以依照本规则的有关规定对犯罪嫌疑人进行鉴定，并由申请方承担鉴定费用。“这一规定，对提出鉴定的申请作了进一步规定，使其更具有操作性，但仍没有改变我国提起精神鉴定的决定权在司法机关的制度。对此，理论界并没有很大异议。总之，司法精神病学鉴定是否提起，指定、聘请哪个鉴定机构进行鉴定，都由司法机关决定。[8]可见对于精神鉴定的提起主体问题，我国刑法学界并无较大争议，都赞同由司法机关决定，这主要是由我国鉴定本身的公权性决定的。
由于司法精神鉴定本身的目的在于确定行为人是否患有精神障碍以及精神障碍对行为人的辨认能力和控制是否有影响，故精神鉴定的主要功能应是帮助法官查明案件事实。但是，刑法所规范的对象是预定的精神健全的正常人，精神障碍则是行为人免除罪责的法定事由，因此精神鉴定本质上对当事人有利无害，如果每个犯罪嫌疑人或被告人都能够免费进行精神鉴定，当事人自然求之不得，并且从刑法的本意来看，法官在判决之前也必须确信被告人的精神状态正常；而由于物质条件的短缺和审判效率的需要，只能对部分确有可能患有精神障碍的精神病人进行精神鉴定。那么，应该对哪些案件的当事人进行精神鉴定呢？在我国是由司法机关来自由裁量，但精神障碍的症状十分复杂，司法机关在刑事诉讼程序所限定的有限时间内与当事人的接触也十分有限，是否能够准确判断出哪些当事人需要精神鉴定，存在很多不确定因素。
而且从诉讼制度上看，公安机关的主要职责是揭露犯罪、证实犯罪，检察机关作为公诉机关，其主要职责也是控诉犯罪，它们主动对犯罪嫌疑人的刑事责任能力进行精神医学鉴定，进而将无刑事责任能力的犯罪嫌疑人不经审判地无罪开释，是否与其职责不符？发现犯罪嫌疑人有精神病而中止追究刑事责任固然有利于对精神病人权益的保护，但公安机关、检察院积极地为犯罪嫌疑人开脱责任，是否会引起社会上认为某些人、某些机关包庇罪犯的议论？日本也采取此种做法，但日本学者多有批评。有日本学者指出：”采行西洋法制之先进国家当中，采取这种奇妙制度者，只有日本而已。“[9]
而在我国，精神鉴定结论不仅要对被鉴定人的精神状态作出鉴定，而且要评定被鉴定人的责任能力状况，司法工作人员也十分依赖鉴定人的评定结果，大多数情况下是直接采用这一结果而不用说明任何理由，因此常常导致对司法公正的怀疑，许多人甚至认为精神鉴定结论是”免死金牌“，是”杀人执照“！2006年发生于上海的”奥迪车连撞9人案“，公安机关最终根据鉴定结论对犯罪嫌疑人作出撤销案件处理，引起一片质疑声。如有观点指出：”鉴于案件的严重性，我认为此案不宜撤销，而应当经过完整的刑事诉讼程序。在当今公安司法机关的公信力薄弱的情势下，案件处理出于初始阶段就戛然而止，社会上难免会产生疑问。至少应当进行补充鉴定或重新鉴定。根据规定，公安机关应当将用作证据的鉴定结论告知犯罪被害人。如果犯罪被害人对鉴定结论有异议，提出申请，经批准后，可以补充鉴定或者重新鉴定。“而对社会危害性同样极其严重的”邱兴华特大杀人案“，陕西省高院对辩护人要求对邱兴华进行司法精神鉴定的意见不予采纳，直接认定被告人邱兴华的精神状态正常，决定判处被告人邱兴华死刑，剥夺政治权利终身，并执行了死刑。这两个案件引起各方面对我国在对精神障碍者是否进行精神鉴定的决定权上的争议。”上海奥迪车连撞9人案“启动了精神鉴定，免除了犯罪嫌疑人的罪责，处理结果引起非议。”邱兴华特大杀人案“，辩护人申请了精神鉴定，没有被批准，最后被告人被处以死刑，也引起重大非议。
究其原因，因为我国的刑事诉讼法规定的精神鉴定提起权还存在不足，对司法机关提起精神鉴定的决定权缺乏必要的制约，对与精神鉴定结论利害攸关的当事人的申请鉴定权没有规定相应的救济途径。而对于享有鉴定决定权的司法机关来说，则主要是未明确规定必须进行精神鉴定的情形，即未明确规定在什么情况下应当进行精神鉴定。对此，通常解释为，司法人员怀疑被告人可能有精神障碍时，可以提起精神鉴定，但是因为过于抽象，在司法实践中操作性不强。由于我国精神鉴定制度还存在许多缺陷，而鉴定结论对司法判决又具有很大拘束力，司法人员往往十分依赖鉴定结论，习惯于直接采用鉴定结论，因此当社会影响巨大的大案要案发生时，报应的观念和民间惩罚的呼声迫使法官在决定是否对被告人进行精神鉴定时十分犹豫，不敢轻易决定，以回避鉴定结论与司法判决需要之间的冲突。
