即使犯罪嫌疑人、被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人都没有提出排除非法证据的要求，如果检察人员对犯罪嫌疑人供述、被害人陈述或证人证言的收集程序合法性存在疑问，也应当依职权进行审查。经过审查，如果发现确实属于采用刑讯逼供等非法手段取得的犯罪嫌疑人供述和以暴力、威胁等非法手段收集的被害人陈述、证人证言，应当予以排除。
在法院审理阶段，依据规定，对证据的合法性发生争议时，由审理案件的同一审判组织进行调查。具体包括以下内容：
第一，程序启动与方式。被告人及其辩护人通常应当在开庭审判前或法庭调查阶段提出被告人审判前供述系非法取得的申请，法庭应当对此进行调查。在法庭辩论结束前，被告人及其辩护人提出被告人审判前供述是非法取得的，法庭也应当进行调查。关于程序启动的方式，如果是在起诉书副本送达被告人后到开庭审判前的一段时间内，提出被告人审判前供述是非法取得的，应当向人民法院提交书面意见。被告人书写确有困难的，可以口头告诉，由人民法院工作人员或者辩护律师作出笔录，并由被告人签名或者捺指印。如果是在庭审过程中提出被告人审判前供述是非法取得的，可以口头的形式直接向法庭提出。
第二，法庭初步审查。被告人及其辩护人在开庭审理前或者庭审中，提出被告人审判前供述是非法取得的，法庭在公诉人宣读起诉书之后，应当先行审查。经过审查，合议庭对被告人审判前供述取得的合法性没有疑问的，可以直接对起诉指控的犯罪事实进行调查。对供述取得的合法性有疑问的，由公诉人承担证据合法性的证明责任。
第三，控方举证。经初步审查，法庭对被告人审判前供述取得的合法性有疑问的，公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据，提请法庭通知讯问时其他在场人员或者其他证人出庭作证，仍不能排除刑讯逼供嫌疑的，提请法庭通知讯问人员出庭作证，对该供述取得的合法性予以证明。经依法通知，讯问人员或者其他人员应当出庭作证。公诉人提交加盖公章的说明材料，未经有关讯问人员签名或者盖章的，不能作为证明取证合法性的证据。对于检察人员、被告人及其辩护人提出未到庭证人的书面证言、未到庭被害人的书面陈述是非法取得的，举证方应当对其取证的合法性予以证明。
第四，双方质证、辩论。公诉人举证后，控辩双方可以就被告人审判前供述、未到庭证人的书面证言、未到庭被害人的书面陈述取得的合法性问题进行质证和辩论。质证和辩论的目的，一方面在于使控、辩双方有充分机会表明己方观点，充分阐述理由和根据，从而从程序上保障当事人和诉讼参与人的合法权益，另一方面，更是为了通过详尽的细节调查，查明证据收集程序、方式是否违法，确保证据真实、合法。
