程序和实体不分是古代法的基本特征，中西皆然。在罗马法中，执政官授予诉权将引起当事人实体请求权，表明诉权中包含着程序与实体两个因素。中世纪仍然延续实体与程序不分的传统。二者的分离是18世纪法国大革命以后出现的，1806年法国颁布世界上第一部独立的《民事诉讼法》，1808年颁布世界上第一部独立的《刑事诉讼法》，实体法与程序法分离成为一种潮流，在大陆法系流行。德国直到1900年《民法典》施行以后才结束了程序和实体的合一。中国的程序法是与实体法同时产生的。“皋陶治狱，令羊触之。有罪则触，无罪则不触。”[21]虽然是神明裁判，但又是定罪量刑必不可少的程序。中国虽然历朝历代统治者为准确、有效地执行司法职能，都试图制订诉讼法规，建立和健全诉讼制度，但程序法从来没有从实体法中独立出来，大部分程序法规散见于刑法典，也少有一部分程序法内容见于行政法中。中国程序法的独立是在清末改革的过程中实现的，1910年分别颁布了《大清刑事诉讼法草案》和《大清民事诉讼法草案》，但未及施行，清王朝即告覆灭。改革开放以来，人们越来越认识到程序法的重要性，程序不仅具有保障实体法实现的附属性，还具有自身的独立意义，通过程序正义实现实质正义。
但是，在区分实体法和程序法，认识程序法在实现实体权利的重要意义的同时，还应该看到二者之间的相互联系与相互渗透，以致二者的统一性。程序本身就有实体性的意义，某些程序的瑕疵或程序的违反可能导致行为本身的不成立或者无效。比如，《行政处罚法》第41条规定：“行政机关及其执法人员在作出行政处罚决定之前，不依照本法第三十一条、第三十二条的规定向当事人告知给予行政处罚的事实、理由和依据，或者拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立；当事人放弃陈述或者申辩权利的除外。”《行政处罚法》第3条第2款规定：“没有法定依据或者不遵守法定程序的，行政处罚无效。”另一方面，同一个法律规定从不同的视角可以作出不同的界定。相同的规定或原则同时为程序法和实体法所接受，这种情况在中国法律中并不罕见。司法机关依法独立行使职权的原则，人民法院、人民检察院和公安机关在刑事案件中分工负责、互相配合、互相制约的原则等就同时规定在《宪法》和《刑事诉讼法》中。独立审判原则、适用法律一律平等原则、适用本民族语言文字原则、审判公开原则、辩护原则、合议原则等也都是《人民法院组织法》和《刑事诉讼法》、《民事诉讼法》的基本原则。
程序法与实体法的关系更经常地表现在，许多法律文件往往同时包含实体性和程序性规范。这种实体与程序的混合在行政法里表现得尤其突出，《行政处罚法》、《行政监察法》、《行政许可法》等法律都表现了这一特点，如《行政许可法》中“总则”、“行政许可的设定”、“法律责任”等章节以实体性规则为主，而“行政许可的实施程序”则显然以程序性规定为主。又如《行政处罚法》包括“总则”、“行政处罚的种类和设定”、“行政处罚的实施机关”、“行政处罚的管辖和适用”、“行政处罚的决定”、“行政处罚的执行”、“法律责任”等章节，更是一个实体规则与程序规则的混合体。《行政监察法》由“总则”、“监察机关和监察人员”、“监察机关的职责”、“监察机关的权限”、“监察程序”和“法律责任”构成，体现的仍然是实体与程序的混合。
在刑事和民事法律方面，中国已经分别制定了《刑事诉讼法》和《民事诉讼法》，它们与相应的刑事实体法和民事实体法的关系虽然不如行政法那样表现在一个法律文件中，但是也呈现出你中有我，我中有你的状况。特别是在刑事法律方面，国际刑事法院《罗马规约》就被认为是实体法和程序法结合的典范，不仅规定了普遍义务原则、个人国际刑事责任原则等基本刑罚原则，规定了灭绝种族罪、危害人类罪、战争罪等犯罪构成，也规定了法院的设立、组成、职权和奖惩等组织法内容，还规定了刑事责任追究的调查、起诉、审判、执行以及国际合作和司法协助等程序性内容。值得注意的是，国际和国内刑法学界近年来都有人提出“刑事一体化”的思想或“整体刑法学”，一种代表性的观点认为“实现刑法的最佳社会效益是刑事一体化的目的，刑事一体化的内涵则是刑法和刑法运行内外协调”。[22]所谓刑事一体化包括刑事实体法、刑事程序法、刑事证据法、刑事执行法、犯罪预防法和轻微处罚法。刑事法律体系是关涉预防犯罪、规制犯罪、追诉犯罪、执行刑罚的法律相互联系而形成的统一整体。这种构想打破了中国现行法律体系的结构，不仅将刑法与刑事诉讼法都放在刑事法律体系中，而且将目前属于行政法的禁毒法、监狱法、劳动教养制度、治安管理处罚法，属于经济法的反洗钱法，属于社会法的预防未成年人犯罪法等都包括在刑事法律体系中。实际上，刑事法律一体化的思想打破了长期以来在法律部门划分问题上以法律调整对象和调整方法为标准的“纯科学主义”倾向，而转到以问题为中心，即如何预防犯罪、规制犯罪、追诉犯罪和改造犯罪的路子上。
值得注意的是，强调程序法的重要性无论如何都离不开实体法，强调程序法的重要性也不一定就意味着采取程序法与实体法相分离的形式。马克思曾高度评价程序法对实体法的意义：“诉讼和法二者之间的联系如此密切，就像植物外形和植物本身的联系，动物外形和动物血肉的联系一样。使诉讼和法律获得生命的应该是同一种精神，因为诉讼只不过是法律的生命形式，因而也是法律的内部生命的表现。”[23]把实体法与程序法综合考虑，不仅在理论上更体现出体系性和协调性，在实践上，也可以避免由于实体法与程序法以及其他相关法律在制定和修改时间上的不同而造成的法律在内容上的不一致。
实际上，刑事一体化的思想同样可以适用于民事法律，包括民事实体法（民商法、经济法、社会法、环境资源法）、民事程序法、民事执行法、民事证据法、民事仲裁法和民事调解法等在内，其好处同样在于以解决民事纠纷为中心，统一协调解决民事纠纷的一揽子法律。当然民事法律有其特殊性，它不像刑事法律中实体法与程序法的一一对应关系，与民事程序法对应的不仅仅包括民商法，而且包括经济法、社会法、环境资源法。[24]
这种以问题为中心的思路的贡献在于，不是把法律体系看作是封闭的、凝固不变的，而是把它视为开放的、与社会生活息息相关的，不断从社会生活中吸取养分，改善自己。在法律与社会之间，法律规范与非法律规范之间，官方与民间之间，通过问题建立起良性互动的纽带，问题的关键不在于书本上的法律是怎样规定和划分的，而在于怎样解决实际问题。
应该看到，以问题为中心的思路并不是否定传统的法律部门划分，而在于以解决问题为中心把现行的规范性法律文件进行重新组合。无论是哪种思路，它们的起点都是各种各样的现行的规范性法律文件。由于编纂法律文件主要考虑方便和实用，一个法律文件经常包含着不同的法律部门的规范，究竟把它们放到哪个部门中往往是相对的，会发生一些不必要的争论。而以问题为中心的思路，可以较好地解决划分难的问题，我们可以完全不管这些文件在学理上的归属，只要能够解决所面临的问题，以解决问题的过程为中心考虑它们的安排。但是，以问题为中心的思路又会造成法律体系结构的不稳定性，一个问题有一个问题的思路，法律可以根据不同的问题作出不同的划分，因而缺乏相对稳定性。因此如何把不同的划分方法结合起来，扬长避短，仍然是一个值得探索的问题。[25]
