根据“经济人”假设原理，在农业合作社的委托-代理关系中，代理人的目标效用函数与委托人的目标效用函数极有可能存在着分歧乃至冲突，因此需要设计合理有效的治理结构来规制代理人的行为，以防止或减少其逆向选择与道德风险等机会主义行为的发生，而规制的重点仍应放在“迫使”与“诱使”两个方面，亦即约束机制与激励机制两个层面。不过，由于农业合作社与公司毕竟是两类不同的企业组织形式，它们在组织结构、组织特征上客观存在着一定的差异，因此在具体的治理结构制度设计与选择上自然也不可能完全一律，以激励机制的设计而论，股票期权即对农业合作社无从适用。对此，下文仍将论及。
三、回顾：我国农业合作社治理结构的制度缺失
（一）我国农业合作社法简述
长期以来，我国在立法政策上一直缺乏必要的立法规划与立法前瞻性，这样，立法的滞后必然导致实践中的问题丛集与乱相丛生。
就以农业合作社立法而论，我国建国初期便已开始大规模推行农业合作化运动，但是立法进程却严重滞后，加上当时指导思想上的错误，农业合作化运动自然便发生了扭曲与异化，未能—也不可能—实现其政策目标。改革开放以后，随着家庭承包经营制度的全面推行，农业合作社的制度需求急剧加大，广大农民为求改变自己在市场中的不利地位，纷纷设立农业合作社。不过，在相当长的一段时期内，各地农业合作社均处于“无法可依”的不正常状态，一直到2006年这一局面才得以改观—我国建国后第一部农业合作社法终于“千呼万唤始出来”。农业合作社法的颁布实施，对于明确农业合作社的法律主体地位，规范农业合作社的组织与行为，保护农业合作社及其社员的合法权益等方面必将起到积极的作用。不少学者认为，农业合作社法的出台标志着我国农业合作社从此进入了一个规范化发展的新阶段，[13]因此具有里程碑的意义。
“不满是向上的车轮”，唯有不满足，方能产生进一步前进的动力。有鉴于此，我们在肯定现行农业合作社法作用与意义的同时，也必须理性地审视这部法律所存在的问题与不足，并在此基础上予以完善，以期更好地发挥其对农业合作社的规范、引导作用。
（二）我国农业合作社法在治理结构上存在的具体制度缺失
我国农业合作社法的出台虽然意义重大，但法律本身“有懈可击”之处甚多，即以其中治理结构的制度设计而论，便可谓漏洞与瑕疵并举！因此，不少农业经济学界的专家学者强烈呼吁应对我国农业合作社法中的治理结构部分进行制度完善与制度创新。[14]
1．约束机制有欠完善
农业合作社治理结构的内容集中体现在我国现行立法的第四章即“组织机构”中。该章规定了一些针对经营者的监督约束措施，但是，总体而言，“约束不足”的问题较为明显，如将监事会的性质定位于任意机关即其一例。[15]
在立法上将监事会的性质定位于任意机关，其结果，不仅容易导致实践中经营者滥权、经营管理行为失范，而且，也与我国法律传统有所不合。众所周知，在公司治理模式上，有所谓美英模式与德日模式之分（此外，尚有东亚流行的家族治理模式，但在世界范围内影响不大），前者实行单层制，只设董事会、不设监事会；后者实行双层制，董事会之外，另设监事会。[16]我国在立法传统上属于大陆法系，因此在农业合作社治理结构的制度设计上实行双层制应当说顺理成章。我国台湾地区合作社法（2002年最新修订）即将监事会的性质定位于必设机关。再从实践的角度分析，在农业合作社中，如果监督机关缺位，理事长又兼任经理（现行法允许兼任），那么，理事长必将独揽合作社大权而又不受或难受监督（社员大会因为遭遇“集体行动的困境”，其监督功能有限。），在这种情况下，经营者可能的机会主义行为便很难得到遏制，社员的利益将不免因此而受到损害；与此同时，理事长大权独揽也明显违背农业合作社“民主控制”的性质。
2．激励机制残缺不全
如果说现行农业合作社法中的约束机制只是有欠完善的话，那么，针对经营者的激励机制则是名副其实的制度缺失：通览整部法律，经营者激励机制实在是“芳踪”难觅！之所以如此，如果从深层次分析，则不能不说与我国的传统文化有关。在我国，长期以来推崇义务本位，忽视权利的存在与保障，[17]表现在立法上，即是重对当事人课以义务而轻赋以权利。
