本身违法原则体现了法律对联合限制竞争行为管制的严厉性。其优点可以从两个方面分析：一是为行为人提供明确的指导。本身违法原则为行为人提供了一个确定的行为标准，使企业在计划和实施商业行为时不必担心可能遭受突如其来的反托拉斯法的打击。例如，固定价格具有很大的吸引力，如果该行为的违法性不确定，企业就会尽可能尝试之，并寄希望于不被查获或将其解释为“合理”，这样对竞争的损害显然较大。如果明确规定固定价格为本身违法的行为，则使企业明确该行为是被法律严厉禁止的，是不允许其进行尝试的。特别是在法律采取刑事制裁这一措施的情况下，确定明确禁止的标准尤其重要。二是节约司法资源。适用本身违法原则可以避免法院在反托拉斯诉讼中进行旷日持久的司法调查，而这些调查往往是困扰诉讼的难题。如果法院有足够的经验可以认定某种联合限制竞争行为总是损害竞争的，可以通过宣告其本身违法而节省司法资源。但本身违法原则的缺陷也是明显的，由于缺乏对具体行为有害性与合理性的分析、评价，在行为对竞争具有多面性影响的情况下，可能会妨碍有益的行为，从而损害效率和正义。
（二）合理分析原则
合理分析原则的基本含义是：某些行为对竞争的损害具有模糊性和不确定性，其危害的有无与大小往往受到多种因素的影响，在对其违法性进行判断、认定时，不仅要确定行为本身的客观存在，而且还要考虑行为的意图、行为的方式及行为的后果等多方面因素，只有通过综合分析、确实证明该行为对竞争造成实质性损害时，才能认定其构成违法，否则，其便是合理的行为。除法定适用本身违法原则以外的其他行为，均适用合理分析原则。
合理分析原则的适用，关键在于对联合限制竞争行为合理性的分析与认定。一般分为两步：一是分析联合限制竞争行为的目的是否是良性的，即认定其目的最终是促进竞争还是限制竞争，如果其目的是良性的，则该行为即为合法，无需进行其他分析；如果其目的不是良性的，则要进人下一步的分析。二是分析联合限制竞争行为所产生的最终后果。联合限制竞争行为对竞争所产生的最终后果取决于该行为对竞争的正、负影响，因此，应首先确定联合限制竞争行为业已促进和将要促进竞争的程度，再确定该行为业已限制和将要限制竞争的程度，最后将二者进行比较，如果最终的后果是限制竞争的，则该行为是非法的；反之，如果最终后果是促进竞争的，则该行为是合法的。确定联合限制竞争行为的最终结果常常要求复杂和旷日持久的事实调查，并需要经济学家、统计学家和经营专家等多方的意见和帮助。
合理分析原则体现了法律对联合限制竞争行为管制的灵活性，在一定程度上弥补了本身违法原则的缺陷，使反托拉斯法的适用能更好地适应复杂的经济情况，避免机械执法可能对正常经济生活造成的消极影响。但合理分析原则也存在着自身的不足：其一，它使诉讼变得十分复杂，繁重的调查取证任务，消耗了当事人、行政执法机关和法院更多的资源；其二，合理分析原则减少了特定行为合法与违法的确定性，可能妨碍对社会有益的行为，增加了诉讼的发生率；其三，合理分析原则增加了执法人员的自由裁量权，在争议解决方面可能产生更大的非连续性和不可预见性，增加了公共决策者产生错误和滥用行为的危险。
（三）本身违法原则与合理分析原则在知识产权许可中的适用
对知识产权许可中的垄断行为，法律适用中虽然本身违法原则和合理分析原则都会得到运用，但相比较而言，本身违法原则适用的情况较少，而合理分析原则则广泛地适用于知识产权许可中各种类型的垄断行为，居于更为重要的地位，具有一般原则的性质。这是因为：
第一，在知识产权许可贸易中，交易主体之间属于一种纵向关系或垂直关系，[8]发生于其中的纵向限制或垂直限制原本就属于反垄断法中的“合理分析”范畴，这是由纵向限制或垂直限制对竞争影响的多重性、复杂性以及不确定性等决定的。
第二，知识产权许可对竞争具有积极促进和消极阻碍双重作用，体现利弊权衡特征的合理分析原则，强调对影响市场竞争的各种因素进行综合的比较、评估、分析、判断，充分考虑知识产权在鼓励、促进竞争方面的正效应和在妨碍、限制竞争方面的负效应，能从复杂经济事实的分析、比较中客观、合理地确定知识产权行使行为的合法与违法，在具体法律适用乃至具体的案件中协调知识产权人的私人利益和竞争所代表的社会公共利益的关系，更好地实现知识产权领域反垄断控制的价值目标。正因如此，在美国，甚至出现了在知识产权领域的反托拉斯规制中将一些过去适用本身违法原则的行为改为适用合理分析原则来判断的现象。如美国法院曾在处理知识产权许可协议限制竞争的案例中，针对过去一直适用本身违法原则的“搭售”行为指出：“授权契约中之‘搭售’限制，可能有助于市场竞争，因此，惟有在下述情况下才会被判定为不法限制：(1)在搭售的产品市场中具有足够的市场支配力量，足以限制被搭售产品市场之竞争；(2）对于被搭售产品的市场造成反竞争效果；以及（3）搭售行为可能产生的经济效果低于其反竞争效果。”[9]在1998年的美国司法部诉微软案中，上诉法院针对一审法院以本身违法原则判定微软的浏览器搭售行为违法这一结论，列举了微软搭售浏览器不可低估的三大益处：(1)捆绑IE使windows（结卖品）本身的功能得到加强，“这是以前的案例中没有料到的”;(2)“许多在技术动力时代十分有益的进步来自于捆绑，而平台软件本身又具有无可比拟的创新特点”;(3)把IE加入windows不单独收费，使人们更加普遍地熟悉了互联网，减少了公众访问互联网的成本，至少因此促使网景公司停止对Navigator收费……这些行为提高了网络浏览软件的质量，降低成本，提高可靠性，从而使消费者受益。[10]并据此认为不能直接断定该搭售为“本身违法”，而应比较其带来的正负影响，再决定它的性质，并因此裁定将该项指控发回地区法院，要求其依“合理分析原则”重新评价微软的捆绑行为。[11]这些都从一个侧面表明“合理分析原则”在知识产权领域反垄断控制中的重要性和一般原则意义。
