（三）2001年《专利法》的专利实施强制许可规定
为了加入WTO,我国进行了顺应TRIPs协议的知识产权法律的全面修改，一马当先的就是2000年8月全国人大常委会通过并于2001年7月1日正式施行的《专利法》（新第52条）。我国《专利法》的这次修改主要就是使得我国《专利法》与 TRIPs 协议的规定协调一致。这次修改对专利实施强制许可的实体和程序作了与TRIPs协议更加一致的完善。例如，为了顺应TRIPs协议的规定，我国《专利法》将依存专利之强制许可的技术进步方面的条件，从原来的“技术上有进步”提升为“具有显著经济意义的重大技术进步”（新50条）的高标准。同时，也将原《专利法实施细则》中的一些内容提升到了专利法中，明确规定了国务院专利行政部门应当将实施强制许可的决定及时通知专利权人，明确规定了“应当根据强制许可的理由规定实施的范围和时间。”在强制许可的理由消除并不再发生时，“应当根据专利权人的请求，经审查后作出终止实施强制许可的决定”（新52条）。还将对强制许可之使用费之裁决不服的行政诉讼权利从专利权人一方扩展至专利权人与被许可方两方。
（四）2003年颁行的《专利实施强制许可办法》
2003年6月13日国家知识产权局公布了《专利实施强制许可办法》，自 2003年7月15日起施行。《专利实施强制许可办法》共五章39条，系统规范了当时我国发明或者实用新型专利实施的强制许可之申请、强制许可使用费争议之裁决和终止强制许可之请求这三方面的申请、审查、决定的具体要求和相关程序。其中特别规定了“在国家出现紧急状态或者非常情况，或者为了公共利益的目的，国务院有关主管部门有权根据《专利法》第四十九条的规定请求给予实施发明专利或者实用新型专利的强制许可”，明确了在上述国家“紧急状态”、“非常情况”或者“为了公共利益目的”情况下，强制许可的请求程序可由“国务院有关主管部门 ”来启动。
（五）2006年施行的《涉及公共健康问题的专利实施强制许可办法》
2005年11月29日国家知识产权局公布了《涉及公共健康问题的专利实施强制许可办法》，自2006年1月1日起施行。这一办法是为了在我国落实已经生效的WTO的《关于TRIPs协议与公共健康的宣言》（即所称“多哈宣言”）及其《关于实施TRIPS协议与公共健康的多哈宣言第6段的决议》，并且将其与当时的我国专利法律规范相衔接。这一办法共13条，其中明确了：1.“在我国预防或者控制传染病的出现、流行，以及治疗传染病，属于《专利法》第四十九条所述为了公共利益目的的行为”。而“传染病在我国的出现、流行导致公共健康危机的，属于《专利法》第四十九条所述国家紧急状态。”2.又进一步明确规定了不同情况之下的强制许可的申请与审批程序：第一种情况：我国具有治疗某种传染病专利药品的生产能力，国务院有关主管部门可以请求国家知识产权局授予实施强制许可；第二种情况：我国不具有治疗某种传染病专利药品的生产能力，国务院有关主管部门可以请求国家知识产权局授予强制许可，允许被许可人进口相关WTO成员特此为我国制造的该专利药品。第三种情况：WTO成员通过TRIPs理事会希望进口治疗某种传染病的专利药品或者非WTO成员的最不发达国家通过外交渠道希望从我国进口治疗某种传染病的专利药品的，国务院有关主管部门可以请求国家知识产权局授予强制许可，允许被许可人制造该种药品并将其出口到上述成员或者国家。该办法还明确规范：一方面，通过强制许可进口至我国的治疗某种传染病的专利药品，国外生产者已经向专利权人支付过报酬的，被强制许可进口的被许可人可以不向专利权人支付报酬。另一方面，明确了在其他国家或者地区购买专利权人或者经专利权人许可而制造并售出的专利药品并且进口到我国的，无需请求授予强制许可，这实质上就是允许“平行进口”。
