第三十一条 奖金应如数发给项目主要完成人和主要完成单位，其它各级主管单位不得截留。奖金分配方案确定后，由申报部门负责将结果报国家科技进步奖评委会办公室备案。自奖金拨出一年后分配方案仍未落实者，申报部门应负责将奖金退回国家科技进步奖评委会办公室。
第三十二条 发给国家级和省（部委）级科技进步奖项目完成者的奖金，不计入单位的奖金总额，不征收奖金税。
十一、项目争议的处理
第三十三条 对已公布的获奖项目如有争议，自公布之日起三个月内可向有关方面提出，超过三个月提出的异议，一般不予受理。
第三十四条 凡涉及项目主要完成单位、主要完成人或名次排列的争议问题，由申报部门负责处理，并将结果报国家科技进步奖评委会审核备案。
第三十五条 凡涉及项目实质性问题（指获奖项目是否达到奖励条件和奖励等级，或是否有弊端等）的争议，特等奖和一等奖项目由其申报部门提出处理意见，报相应的行业评审组复议，并将行业评审组处理意见报国家科技进步奖评委会最后裁决；二、三等奖项目由其申报部门提出处理意见，报相应的行业评审组裁决，并将结果报国家科技进步奖评委会备案。
国家科技进步奖评委会对所有项目的争议处理意见或结果有最终审核、裁决的权利。
第三十六条 如发现弄虚作假或剽窃他人成果者，可向有关的申报部门提出，由申报部门负责调查核实，若证据确凿，报送相应的行业评审组，提出处理意见，经国家科技进步奖评委会批准，撤消奖励，追回奖金及一切荣誉奖品，并按情节轻重给予批评或处分。
第三十七条 对获奖项目提出争议或揭发弊端者，必须采用书面形式，指出项目名称、获奖等级、主要完成单位和主要完成人。还必须写清自己的真实姓名、工作单位、联系地址等，否则不予受理（如须保密，请注明）。对有争议或揭发弊端部分需如实地提出申诉理由，实事求是地提出自己的意见，如有附件，要列出目录并将原件与书面材料一起交上（如证明材料、图页、照片等）。如发现诬告他人者，经调查核实，证据确凿，应追究其法律责任。
第三十八条 为及时解决争议问题，有关部门接到争议函件后，应及时将争议意见通知对方，限期一个月内提出申诉。任何一方均需按照处理争议单位的要求，及时如实地提供有关争议的补充材料和旁证文件，如在上述规定的时间内不作答复，即为弃权。
