合理部署科学研究的纵深配置，以确保经济和科学技术发展的后劲。
在大力推进技术开发工作的同时，加强应用研究，并使基础研究工作得以稳定地持续发展。对于各种不同类型的研究工作，应当采取不同的政策和评价标准。
应用研究是把基础研究成果转化为实用技术的必要环节，对于开拓新技术、发展新产业和革新现有生产技术具有重要意义。应当选择可望获得重大效益的课题作为重点，集中人力物力，争取尽快取得突破性的成就。
当代科学发展的事实表明，基础研究的重大突破往往为技术发展开辟新的道路，基础研究的成果转化为技术的过程正在日益缩短。要重视有应用前景的基础研究工作，尤其是针对我国自然条件、自然资源特点的研究工作。对于一时看不出应用前景，但对认识自然现象、自然规律确有价值的工作，也要根据财力的情况给以支持。对基础研究成果，应着重考察其学术意义和科学水平。
高等学校和中国科学院在基础研究和应用研究方面担负着重要的任务。产业部门的研究机构，也要根据需要加强应用研究。各方应当密切合作，人员相互兼职，开展合作研究，联合建立实验室或研究机构。基础研究、应用研究应当同人才的培养密切结合。有条件的高等学校也可以建立一些确有特色的精干的研究机构。
七
扩大研究机构的自主权，改善政府机构对科学技术工作的宏观管理。独立的研究机构要面向社会，成为自主的研究开发实体。除国家委托的研究课题，以及由上级任命或聘任的院、所长外，计划、经费、人事的管理和内部的组织结构等，都由研究机构在国家法令规定范围内自主决定。研究机构在上级拨给的事业费以外的纯收入，应以大部分用于事业的发展，余下的部分视事业费自立程度核定额度，用于集体福利和奖励。已经做到事业费完全自立的机构，可以享受国务院规定的企业自费发放奖金、改革工资的权利。
研究所实行所长负责制。在研究机构内部应当充分尊重和发挥科学技术人员的作用，建立和实行各种责任制，并加强民主管理。特别是要相应扩大课题组长的职权。课题组可以由组长聘请人员或自由组合。
研究所的党组织应该通过思想政治工作，保证、监督各项方针政策的贯彻，支持所长负责制的有效实施，促进科学技术工作的发展。党委书记应当具有一定的科学文化水平，热心科学技术事业，认真执行党的知识分子政策。
国务院有关部委要简政放权，改善科学技术工作的决策程序，运用系统工程和其他现代管理手段，加强宏观管理。要使科学技术发展计划与国民经济计划互相协调，密切结合。要研究、分析科学技术的发展动向与经济、社会的需求，制订发展战略和相关的各种政策。要做好重大科学技术攻关项目的组织协调。要加强统计监督，建立信息网络，沟通信息。
