四、关于比对异常的增值税抵扣凭证的处理
（一）对辅导期新办商贸企业一般纳税人按照国税发明电〔2004〕37号文件的规定实行"先比对后抵扣"。主管国税机关对比对结果为"相符"的增值税抵扣凭证可允许其申报抵扣，对比对结果异常的增值税抵扣凭证应进行审核检查。审核检查结果为国税发〔2004〕119号文件中规定的第一类技术性错误原因造成比对异常的，经过技术处理后允许其申报抵扣；审核检查结果为国税发〔2004〕119号文件中规定的第二类问题的，不允许其申报抵扣，由管理部门依有关规定进行处理；审核检查结果为国税发〔2004〕119号文件中规定的第三类问题的，不允许其申报抵扣，移交稽查部门立案查处。
（二）对新办商贸企业以外的一般纳税人比对异常的增值税专用发票按现行规定处理；比对异常的其他抵扣凭证，必须先进行审核检查，再依有关规定分别进行处理。审核检查结果为国税发〔2004〕119号文件中规定的第一类技术性错误原因造成的比对异常的，经过技术处理后允许其抵扣；审核检查结果为国税发〔2004〕119号文件中规定的第二类问题的，管理部门再依有关规定分别进行补税、加收滞纳金、罚款；审核检查结果为国税发〔2004〕119号文中第三类问题的，移交稽查部门立案查处。
五、关于审核检查流程和方法
（一）抵扣方主管国税机关的审核检查
对比对"不符"、"缺联"、"属于作废"的增值税专用发票和比对"不符"、"缺联"和"重号"的其他抵扣凭证，由抵扣方主管国税机关管理部门进行审核检查。
1.如果经抵扣方主管国税机关审核检查，即可查明"不符"、"缺联"、"属于作废"、"重号"原因，而不需再由开票方主管税务机关（海关代征进口增值税专用缴款书为海关代征进口增值税专用缴款书入库地国税机关所属计统部门，下同）继续审核检查的，按照国税发〔2004〕119号文件规定的不同情况依有关规定分别进行处理。
2.如果属于抵扣联采集录入等技术性错误的其他抵扣凭证，进行修改后经人工比对两联相符，将"比对相符"的信息汇总上报；进行修改后经人工比对两联仍不符的，将修改后的信息交开票方主管税务机关管理部门继续审核检查。
3.如果需由开票方主管税务机关继续审核检查的，交由开票方主管税务机关管理部门继续审核检查。
（二）开票方主管税务机关管理部门对抵扣方主管国税机关转来信息的审核检查
1.如果不属于存根联（包括海关代征进口增值税专用缴款书第五联，下同）采集录入等技术性错误，将结果反馈抵扣方主管国税机关。
