领导机构下设办公室，办公室设在市卫生局，负责药品集中采购的协调工作和日常组织管理。
各区县有关部门建立相应的监督管理机制，负责本级集中采购的日常监管。
2、工作机构
调整北京市医疗机构药品集中招标采购中心的工作职能，实现从管理机构向工作机构的转变，负责北京市医疗机构药品集中采购工作的具体实施。
（二）完善药品集中采购的各项规章制度
建立并完善《北京市药品集中采购备案管理办法》、《北京市药品集中采购评审专家委员会管理办法》、《北京市药品集中采购违规行为公示制度》、《北京市药品集中采购成交药品质量监测办法》等规章制度。
（三）建立政府非营利性的药品集中采购平台
通过政府采购方式，建设政府非营利性的药品集中采购平台，功能包括集中采购投标评审、网上采购和监督管理。
（四）完善药品集中采购专家管理系统
做好专家库建设和专业分类管理工作，按照医疗机构临床科室和药品类别，建立专家管理系统。建立科学的专家评价体系，通过专家集体评审程序，保证评审过程的公开、公平、公正，确保临床用药安全有效。
（五）经费保障
建立非营利性的药品集中采购平台，保证集中采购工作机构人员经费和工作经费以及集中采购平台建设和运行经费。
五、工作要求
药品生产企业和投标的产品必须具备国家法律法规要求的各项资质。成交产品由药品生产企业或委托具有现代物流能力的药品经营企业向医疗机构直接配送，原则上只允许委托一次。药品生产企业应保证其投标产品安全有效、质优价廉、及时供应，通过技术创新和加强管理，降低药品生产成本和价格，让利患者，不得以不正当竞争行为牟利。
承担集中采购成交品种配送的药品经营企业应具备国家法律法规要求的各项资质和直接向医疗机构配送成交药品的现代化物流能力；必须按照合同条款要求保证成交品种及时配送，自觉维护药品流通秩序。
医疗机构应按照国家有关规定积极参与、配合集中采购工作；必须通过政府药品集中采购平台采购和使用成交品种；要与成交企业签订采购合同，明确采购数量，认真履约，按照合同及时回款，回款时间从货到之日起最长不得超过60天，探索银行承兑汇票等多种方式规范医疗机构货款结算。医疗机构要规范医务人员用药行为，加强处方的规范化管理，促进药品的合理使用。
