对环境监管能力建设项目，项目单位按照申报文件编制项目实施方案；对于污染防治和生态保护项目，项目单位委托具有相应资质的工程设计单位编制项目实施方案。
对省级环保专项资金切块下达地方部分，各地应当在三个月内将指标下达文件，并同时将《＊＊年度因素法安排省级环保专项资金情况表》（附件一）及当年项目审核意见上报省财政厅、省环保厅备案。
各地财政和环保部门在年度终了后三个月内将《＊＊年度中央及省级环保专项资金项目实施情况汇总表》（附件二）加盖部门公章报省财政厅和省环保厅（纸质文本和电子版本分别各一份）。
因素法下达的专项资金地方安排、使用及专项资金项目实施情况将作为下年度安排省级环保专项资金的参考依据之一。
第十八条 项目所在地财政部门、环保部门应加强对环保专项资金项目的管理。重点是按照项目可行性研究报告和项目实施方案对实施进度、资金使用、配套资金到位、资金使用效益等进行跟踪监管。省财政厅、省环保厅进行定期或不定期检查，并对获得200万元以上（含200万元）省级环保补助资金的项目，分别由省环保厅和省财政厅委托有资质的中介机构进行项目评审和预决算评审。
第十九条 环保专项资金应与其它资金统筹安排，并专账核算、专款专用、专人管理，任何单位和个人不得截留，挤占或者挪用，不得擅自更改资金的使用范围、补助环节和补助标准等。项目完工验收后环保专项资金若有结余的，报经省财政厅和省环保厅批准，可继续用于本地区其它污染治理项目。
第二十条 项目承担单位对技术方案、处理规模、配套资金等有重大变更时，应向相关环保、财政部门提出变更申请，由审核下达省级补助资金项目的同级财政和环保部门及时组织专家重新进行论证，做出批复。
第二十一条 环保专项资金项目竣工验收制度。项目完工后3个月内，项目承担单位应向环保、财政部门申请项目竣工验收。中央环境保护专项资金项目、全省大型火电企业污染治理项目、省属企业及省级环保专项资金拨款（含贷款贴息）金额在200万元以上（含200万元）的项目，由省环保厅、省财政厅组织竣工验收。其他项目由项目承担单位所在地环保、财政部门组织竣工验收。
