自治区水利厅：负责农村饮水工程建设，按照农村安居工程建设规划，及时解决农牧民饮水安全问题。
自治区环境保护厅：负责编制农村环境综合整治规划，积极争取国家专项资金支持，加快推进农村环境综合整治，加强农村饮用水水源地保护和水质改善，因地制宜地开展农村生活污水、垃圾污染处理。
自治区人民政府扶贫办：负责争取国家（自治区）扶贫开发工作重点县、边境县等中央有关专项资金支持，整合各类扶贫资金用于农村安居工程建设，对农村贫困人口进行分类统计，督促检查扶贫开发工作重点县、边境县安居工程实施情况。
自治区民政厅：负责争取和安排自然灾害倒损农房恢复重建专项补助资金，加强对住房困难五保户、低保户、贫困残疾人家庭和其他农村贫困户建房（改造）项目的监督指导。
自治区审计厅、监察厅：负责农村安居工程资金管理，定期对资金使用情况进行监督检查，确保农村安居工程资金专款专用。
自治区人力资源和社会保障厅：负责制定和完善农牧民就业技能培训制度，建立就业技能培训平台，加大就业技能培训力度，组织做好农村富余劳动力转移就业工作。
自治区地震局：负责向各地政府相关部门及单位提供地震重点监视防御区、地震断裂带和地震多发区技术材料和报告，配合有关部门做好抗震设防技术咨询和防震减灾知识宣传等工作。
自治区广播电影电视局：负责农村广播电视网络建设，按照农村安居工程建设规划，及时解决农牧民收听收看广播电视问题。
自治区通信管理局：负责农村通信网络建设，按照农村安居工程建设规划，及时解决农牧民通信问题。
自治区国家税务局、地方税务局：负责研究制定农村安居工程各项税收优惠政策。
新疆电力公司：负责农村电网改造工程建设，按照农村安居工程建设计划，及时解决农牧民用电问题。
人行乌鲁木齐中心支行、新疆银监局，国家开发银行新疆分行、中国工商银行新疆分行、中国农业银行新疆分行、中国建设银行新疆分行：负责研究制定支持农村安居工程建设的信贷优惠政策。
三、工作机构
领导小组下设办公室， 办公室设在自治区住房城乡建设厅，负责农村安居工程实施的组织协调工作。办公室主任由张国文同志担任，副主任由甫拉提·乌马尔、肖徽同志兼任，工作人员从自治区住房城乡建设厅、发改委、扶贫办、财政厅、农业厅、畜牧厅、地震局抽调专人组成。领导小组成员因工作变动等需要调整的，由所在单位向领导小组办公室提出，报领导小组组长批准。
