拟订卫生事业中长期发展规划，指导区域卫生规划工作；统筹规划与协调全市卫生资源配置，管理大型医用装备配置；组织协调中央、省、市等专项经费的安排使用与管理；研究提出卫生经济、医疗卫生服务价格标准建议；负责提出卫生局部门预算和局属事业单位基本建设及财务资产管理等；制定卫生财务、会计、基建、大型医用设备、医疗器械采购等管理规章制度；负责内部审计工作。
　　（四）卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）
　　制定卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；指导地方对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；对自然灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援。
　　（五）疾病预防控制科
　　拟订重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，预防和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承办市防治艾滋病工作委员会的具体工作；承担市政府地方病防治领导小组的日常工作；拟订全市地方病防治工作的方针、政策和法规，编制中长期规划和年度计划并组织实施；督促指导全市地方病、麻风病的综合治理、科学防治工作。
　　（六）农村卫生管理科
　　承担综合管理农村基本卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟定有关政策、规划并组织实施；指导全市农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
　　（七）妇幼保健与社区卫生科
　　负责拟定妇幼卫生、社区卫生的发展规划、政策措施并组织实施；规划妇幼卫生、社区卫生服务体系建设并指导实施；制定并组织落实妇幼卫生、社区卫生工作目标和措施；实施《妇女儿童发展纲要》妇幼保健目标任务。
　　（八）医政科（科技教育科）
　　拟定医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准并组织指导实施；制定医务人员服务规范；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理。拟订医药卫生科技发展规划、实施科技计划和成果管理工作；组织实施国家和省、市重点医药科研攻关项目；指导医疗卫生技术推广和科学普及工作；组织研究地方卫生技术标准；承担医药卫生实验室生物安全的监督和人类辅助生殖技术审核报批及管理工作；制定医学教育发展规划；组织指导卫生人员教育培训和专业技术岗位培训工作；组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。

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