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市国土房产局：负责组织、指导和监督地质灾害防御工作；负责制定全市地质灾害防治预案；负责协调、指导危房防洪防台风和抢险救灾工作，及时督促各区组织转移危房住户；及时将地质灾害灾情报市指挥部。
市交通运输局：负责组织、指导做好全市公路（桥隧）、地面公共交通的防汛防台风工作，做好公路（桥隧）在建工程安全度汛工作，及时抢修公路（桥隧）水毁工程，保障交通干线畅通；组织运力，做好转移危险地带群众和防洪防台风物资的运输工作。防台风期间，负责提出地面公共交通减班、停运的建议，报市指挥部同意后监督实施。根据汛情需要，按照市指挥部指令，负责协调BRT停运及关闭厦门、海沧、集美、杏林、五缘、演武、同安湾、丙州、中州、大嶝等大桥和疏港路等高架桥；及时将长途客车停运班次情况报市指挥部。
市农业与林业局：负责组织、指导全市农牧业、林业的防洪防台风和灾后生产恢复工作，及时收集灾情信息并上报市指挥部；做好农业与林业灾后恢复工作和灾区动、植物疫病防治工作。
市商务局：负责组织、指导商贸和外资企业做好防洪防台风工作；负责组织抢险救灾所需日用生活必需品的供给。
市卫生局：负责组建医疗救护和疾病预防控制专业队伍；做好抗灾期间的医疗救护和疾病预防控制工作；做好灾后防病、治病及防疫消毒工作。
市工商局：负责做好户外广告牌的整治工作，在台风、暴雨到来之前，及时组织、监督户外广告牌业主做好加固、拆除等各项防范工作。
市安监局：负责监督、指导汛期安全生产工作，特别是非煤矿山、危险化学品生产、储存企业的安全度汛工作。监督、指导相关部门加强对电力、码头、机场、道路、桥梁、市政、大型建设项目等安全度汛工作的检查；落实各项防范措施和应急救援措施，防止因自然灾害引起生产安全事故的发生。
市旅游局：负责组织、指挥全市相关旅游企事业单位做好防洪防台风工作，及时组织、监督各旅行社、星级饭店、A级旅游景区（点）做好安全防范等工作，确保游客人身安全。防台风期间，负责提出景点关闭的建议，报市指挥部同意后监督实施。
厦门港口管理局：负责组织、协调、指导厦门港各码头、客运站和港口工程做好防洪防台风工作；组织、协调做好在建港口工程、在港船舶疏散避风和港区机械设备、货物、集装箱等安全度汛、防台风工作。防台风期间，负责制订在港船舶离泊计划，提出在港船舶停止作业的建议，报市指挥部同意后监督实施；负责配合厦门海事局做好海上旅游、厦金航线关停和恢复工作。
鼓浪屿管委会：负责组织、指导所辖单位做好防洪防台风工作，特别是在防台风期间，及时组织、指导轮渡公司做好船只避风和乘客安全防范工作；负责提出厦鼓航线停航的建议报厦门海事局。
民航厦门安监局：负责组织、协调厦门机场及各航空公司和中航油厦门分公司做好防洪防台风工作；负责协调运力，保障防汛人员和物资的运输工作。及时将飞机航班延误或取消情况报市指挥部。
市气象局：负责组织气象台开展天气气候预测预报工作，及时向社会公众和有关防汛责任人、气象灾害信息联络员、义务信息员发布气象预报和台风、暴雨等灾害性天气警报，并根据天气变化情况及时补充或订正；及时对降雨、台风及未来趋势作出分析和预报，并提供给市指挥部和有关成员单位；及时发布气象灾害预警信号，并通过媒体向社会公众滚动播报。
厦门通信管理局：负责组织、协调通信运营商做好汛期的通信保障工作，特别是要保障全市防汛等重要部门的通讯畅通，确保雨情、水情、汛情等防洪防台风信息和调度指令传递的通讯畅通；根据汛情需要，协调调度应急通信设备；协调各通信运营商做好防洪防台风公益短信的发布。
市公安消防支队：根据市指挥部的要求，组织应急队伍参加抢险救灾行动，协助地方政府转移、解救危险地带的群众。
厦门海警三支队：负责组建海上抢险队伍；根据市指挥部的要求，组织实施海上抢险救灾；防台风期间，协助当地政府转移海上渔排、渔船人员。
厦门电业局：负责做好防洪防台风用电保障工作，保障全市防汛等重要部门的工作用电；根据汛情需要，及时调度解决应急电源，及时调度解决排洪、抢险的电力需要；及时抢修受损的电力设施，恢复正常供电。
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